第1部　プロテオミクスの新技術

第1章　発現プロテオミクスの新技術
　１．蛍光多重標識と二次元電気泳動によるタンパク質発現量の定量的解析技術（2D DIGE）
　２．プロテオミクスを加速する自動化システム
　３．LC-MSによるプロテオームの動態解析法

第2章　機能プロテオミクスの新技術
　１．タンパク質相互作用解析法
　　　１）酵母を用いたタンパク質相互作用解析法
　　　２）質量分析法のためのタンパク質複合体プルダウン解析法
　　　３）プロテインチップ解析法
　２．ダイナミックプロテオミクス
　　　１）タンパク質相互作用のリアルタイム解析　蛍光相関顕微鏡
　　　２）FRETで観る分子間相互作用
　　　３）タンパク質の細胞内ダイナミクスのバイオイメージング
　３．タンパク質の網羅的発現法
　　　１）無細胞タンパク質合成系（cell-free protein synthesis system）
　　　２）ポストシークエンス研究のためのGATEWAYクローニングシステムによるヒト完全長cDNAの網羅的発現
　４．タンパク質複合体の直接観察
　　　１）タンパク質複合体の電子顕微鏡構造解析
　　　２）ウイルスのX線結晶構造解析

第3章　プロテオミクスインフォマティクス
　１．大規模相互作用解析のためのインフォマティクス
　２．ゲノム情報を利用したタンパク質ネットワークの再構築
　３．信頼性の高いタンパク質間相互作用ネットワークの構築とマイニング

第2部　生命科学研究への応用

第1章　発現プロファイル解析
　１．病態プロテオミクス
　　　１）二次元電気泳動を用いた癌のプロテオーム解析
　　　２）脳疾患の病態プロテオミクス
　２．発生工学プロテオミクス
　３．フォーカストプロテオーム
　４．細胞内小器官とタンパク質複合体におけるタンパク質プロファイリング
　５．プロテオミクスが明らかにする中枢シナプス複合体の実体と機能
　
第2章　機能プロテオミクス（細胞膜から核へ）
　１．シグナル伝達経路の解析
　　　１）細胞内シグナル伝達経路のプロテオミクス研究
　　　２）TGF-β誘導タンパク質のプロテオミクスによる解析
　２．細胞内装置の解析
　３．細胞機能制御機構の解析
　　　１）染色体安定化機構−癌化・老化との接点
　　　２）転写制御機構のプロテオミクス