序●中村保一

目的のデータベース，ウェブツールの探し方中村保一，石川淳 ● 7
本書を読む前に知っておきたい重要用語荒　武 ● 10

第１章　核酸配列解析
No.1　NCBI-BLAST 中村保一 ● 14
高速かつ多機能な，配列データベースとの類似検索サイトの決定版
No.2　GeneMark^TM 黒川顕 ● 21
塩基配列を入力することで，遺伝子領域を予測することができる
No.3　DBTSS/TRANSFAC 鈴木穣 ● 27
2つのデータベースの連携によりヒト遺伝子の転写開始点の同定とプロモーター配列の解析ができる

第２章　タンパク質配列解析
1 類似検索
No.4　PSI-BLAST 藤田信之 ● 38
反復処理により類似アミノ酸配列を高感度で検索する，BLAST法の発展形
2 マルチプルアラインメント
No.5　DDBJにおけるCLUSTALW 今西規 ● 45
DNA配列やタンパク質配列データのアラインメントを作成するための標準的なソフト．日本DNAデータバンクで公開されているサービスを使えば，簡単な操作で高度な機能を使うことができる
3 モチーフ・プロファイル検索
No.6　MOTIF 菊野玲子 ● 50
手もとにあるアミノ酸配列に，どのようなモチーフやドメインが含まれているかをウェブ上で簡単に調べることができる
No.7　ProDom 菊野玲子 ● 56
手もとにあるアミノ酸配列に，どのようなドメインが含まれているか，またそのドメインをもつ他のタンパク質についての情報や進化的な関係をウェブ上で簡単に調べることができる
No.8　Pfam 菊野玲子 ● 60
手もとにあるアミノ酸配列について，そのドメイン構成とファミリー分類の結果をウェブ上で簡単に調べることができる
4 タンパク質の細胞内局在化予測
No.9　PSORT 中尾光輝，中井謙太 ● 66
タンパク質の細胞内局在化シグナルと局在部位の総合的な予測ができる
No.10　SOSUI 広川貴次 ● 74
アミノ酸配列から物理化学的手法により高速に膜タンパク質を判別できる
5 二次構造予測
No.11　The PredictProtein server 礒合敦 ● 81
タンパク質の解析ならここにおまかせ
6 高次構造分類比較・予測
No.12　PDB 岩舘満雄，梅山秀明 ● 89
タンパク質やその複合体などの立体構造情報が手に入る
No.13　FAMS 岩舘満雄，梅山秀明 ● 99
類縁の立体構造情報からタンパク質の立体構造モデルを構築できる
No.14　SCOP 中村保一 ● 105
専門家の判断基準による分類が特徴的なタンパク質ドメイン立体構造分類データベース

第３章　発現プロファイル・パスウェイ解析・プロテオミクス
1 発現プロファイル
No.15　READ 坊農秀雅 ● 112
理研cDNAマイクロアレイによる遺伝子発現パターンが簡単に検索，閲覧できる
2 パスウェイ
No.16　KEGG 平川美夏 ● 119
物質から生物へ，パスウェイがデータに命を吹き込む統合データベース
3 プロテオミクス
No.17　ExPASy Proteomics tools 高田耕司 ● 126
プロテオーム関連の研究に有用な各種ツールがそろう

第４章　キーワードによる配列検索，文献，文書データ
No.18　Entrez 礒合敦 ● 134
情報通になれる検索ならここ！世界最大のバイオインターネットリソースから出発しよう！
No.19　PubMed 石川淳 ● 142
医学・生物学関係の文献検索の定番
No.20　特許電子図書館IPDL 大井隆 ● 148
IPDL（特許電子図書館IPDLとも称す）は，日本国特許庁が開いているインターネット上のバーチャル図書館．この中には産業所有権と総称される特許，実用新案，意匠，商標に関する公報が蓄積されている

第５章　マテリアル系
1 試薬・化合物 デーベース
No.21　Siyaku.Com 竹内浩昭 ● 158
インターネットでほしい試薬が見つかる！買える！サイト
2 セル・遺伝子バンク
No.22　RIKEN BRC Database 岩瀬秀，小幡裕一 ● 165
バイオリソースの検索・提供
No.23　厚生労働省研究資源バンク情報 水澤博 ● 170
厚生労働省研究資源バンクで保存管理している，培養細胞，遺伝子，マウス胚，ヒト組織研究資源の情報が統合化されている
No.24　BrNet 水澤博 ● 176
あらゆる生物系研究資源の情報をまとめて検索できるポータルサイト
No.25　ATCC 水澤博 ● 180
海外の生物系研究資源情報データベース．さまざまな生物系の研究資源を収集して分譲している世界的に著名な研究資源バンク

第６章　その他のサイト・ツール
1 総合サイト
No.26　ゲノムネット 福本淳司 ● 184
No.27　MIPS 荒　武 ● 185
No.28　GO 山崎由紀子 ● 186
2 その他のツール類
No.29　Readseq 石川淳 ● 187
No.30　Compute pI/Mw tool 礒合敦 ● 188
No.31　Primer3 矢野健太郎 ● 189
No.32　Ms-Fit 佐塚隆志 ● 190
No.33　ENZYME 高田耕司 ● 191
No.34　BRENDA 高田耕司 ● 192

付録　役立つウェブサイト集礒合敦 ● 193
索引 ● 200