本書の序として　（井川洋二）

1. 先祖の数の問題
緒言／受精卵から新生児まで：２の累乗で増えていく細胞数増加の驚異／先祖の数が急速に増えすぎるという当座の問題／先祖の数は必ずしも増え続けず、ときに減少し続けることもあるという事実／ゲノムDNAの大半は“junk”である／先祖であった故人とそうでなかった故人との遺伝的違い

2. 動物は複数の細菌の細胞内寄生から始まった
ガイヤとルドルフ・ウィルヒョウ／ルドルフ・ウィルヒョウとドイツの歴史／われわれの究極の先祖と直接の先祖／細胞内小器官の由来は／パンアニマリア・ゲノムとゲノム倍数体化／ヒトとハツカネズミに宿るカンブリア紀の遺伝子

3. 脊椎動物が脊椎動物たる理由
脊椎動物のユニーク遺伝子／MHC抗原と４：２：１法則／脊椎動物のユニーク遺伝子の本当の由来／自己か雑種か?! 脊椎動物亜門創世期の四倍体化

4. 人類の由来、ジャワ原人、北京原人、そしてネアンデルタール人の話
霊長類の起源／大型類人猿とアウストラロピテクス／ホモ属の原種の発見およびホモ・エレクタスが発見した石器と火の利用／スワンスコンブ、スタインハイム頭蓋とネアンデルタール人／ネアンデルタール人とわれわれ新人／ロシアの文豪プーシュキン、フランスの文豪デュマに学ぶ教訓／考古学者が確立した人類誕生に関する既成概念／既存概念を震撼させたタンパク質の比較知見／ブルドッグとボルゾイが教える考古学者への教訓

5. ヒトとチンパンジーはウマとロバよりも近縁であるという事実
タンパク機能に必須な活性部位の温存と遺伝子重複による進化／種間アミノ酸配列差は機能的に無意味であるという事実の認識／分子進化中立説の台頭と分子時計概念の設立／チンパンジーはヒトの近親でゴリラの遠縁にすぎないという事実／ウマ（馬）とロバ（驢馬）の起源／ウマとロバよりもヒトとチンパンジーの方が近縁であるという事実

6. ミッシングリンクを探す癖と先祖でありえないものまで先祖としたがる癖
サルとヒトとの違いは・・・／いわゆる“ミッシングリンク”に固執したチャールス・ダーウィン

7. ヒトをヒトたらしめたごく少数の突然変異
緒言／中立突然変異と生ける化石／俗にいう突然変異とは違った迅速なDNA塩基配列の変化／アフリカ・ヴィクトリア湖チクリッド魚の電撃的進化と家畜化後に起こった動物各種のやはり電撃的進化／たまにみる一アミノ酸置換の発揮する脅威的影響力／ヒトをヒトたらしめた突然変異を求めて

8. ミトコンドリアの遺伝法則
分子考古学の泣きどころ／ネアンデルタール人と洞窟熊のミトコンドリア遺伝子の塩基配列決定／ミトコンドリアの母系遺伝／一世代あたり一人しかミトコンドリアの祖先はいないという事実と現存のミトコンドリアはそれぞれ種の開祖イーヴズの一人一人まで遡るという事実／およそ近親でない二個体が全く塩基配列の一致したミトコンドリアをもつ可能性／ロシアのロマノフ王朝について

「先祖物語」のエンディング
　　　エピメテウス的進化の話　（大野　翠）

解説：未来への遺産“オオノ進化論”　（高畑尚之）
両親の両親の・・・／遺伝子の親の親を辿ると・・・／ウマとロバの問題に潜む進化の謎／ダーウィニズムに対する評価／ガイヤの概念を支持するオオノ進化論

あとがき　（大野　翠）
一九九八年・明暗の年／一九九九年・闘病-毅然として／最後-従容として逝く