［概論］ユビキチンの発見物語（田中 啓二）

1. ユビキチン発見前夜
2. APF-1の同定からユビキチンの発見へ
3. Hershkoによる“ユビキチン仮説”の提唱
4. Varshavskyの遺伝学的研究
5. プロテアソームの発見
6. ユビキチンバイオロジー研究の発火点
7. その後のユビキチン研究について

［基本編］

第1章　ユビキチンとは（田中 啓二）

1. ユビキチンとは何か
   1. ユビキチン
   2. ユビキチン遺伝子
2. ユビキチンシステム
   1. ポリユビキチン化修飾
   2. モノユビキチン化修飾
   3. E1（ユビキチン活性化酵素）
   4. E2（ユビキチン結合酵素）
   5. E3（ユビキチン連結酵素）
   6. E4（ユビキチンポリマー延長化因子）
   7. 脱ユビキチン酵素
   8. N末端ルール
3. UBL（ユビキチン類似タンパク質）
4. ユビキチンフォールド
5. プロテアソーム
   1. 20Sプロテアソームと26Sプロテアソーム
   2. プロテアソーム阻害剤

第2章　プロテアソーム（村田 茂穂　平野 祐子）

1. プロテアソームの進化
2. 20Sプロテアソーム
3. 19S複合体
4. プロテアソーム活性化因子
5. おわりに

第3章　ユビキチンの構造生物学（藤原 健一朗　白川 昌宏）

1. ユビキチン・ユビキチン様タンパク質の構造
   1. ユビキチン
   2. ユビキチン様タンパク質（UbL）
   3. 原核生物におけるユビキチン様タンパク質
2. ユビキチン化酵素群の構造
   1. E1
   2. E2
   3. E3
   4. 脱ユビキチン化酵素
3. ユビキチン結合ドメインの構造
4. ポリユビキチンの構造

第4章　ビキチンシステムのコーディネーター：ユビキチンリガーゼ（佐伯 泰　横沢 英良）

1. ユビキチンリガーゼの多様性
2. ユビキチンリガーゼの分類
   1. HECT型ユビキチンリガーゼ
   2. RING型ユビキチンリガーゼ
   3. U-box型ユビキチンリガーゼ
3. ユビキチン鎖のタイプとユビキチンリガーゼ
4. ユビキチンリガーゼ研究の展望

第5章　ユビキチン系による基質識別の制御機構（岩井 一宏）

1. E3の活性制御
   1. アロステリック制御
   2. リン酸化制御
   3. 量的制御
2. 選択的ユビキチン化に関わる基質側の要因
   1. 基質の翻訳後修飾
   2. 補助タンパク質
3. おわりに

第6章　脱ユビキチン化酵素（小松 雅明　八代田 英樹）

1. 脱ユビキチン化酵素の構造による分類
2. 脱ユビキチン化酵素の機能的分類
   1. 前駆体のプロセシング
   2. ユビキチンの再生
   3. イソペプチド結合の切断
3. 最近のトピックス
   1. 癌と脱ユビキチン化酵素
   2. パーキンソン病と脱ユビキチン化酵素
4. おわりに

第7章　ユビキチン関連モディファイヤーシステム（千葉 智樹）

1. UBLの構造と共有結合反応
2. SUMOファミリータンパク質
3. NEDD8
4. 真核生物に保存されているそのほかのUBL
5. 多細胞生物から出現するUBL
6. おわりに

第8章　オートファジー −リソソームによる細胞質分解−（水島 昇）

1. オートファジーの膜動態
2. オートファジーの意義と疾患
3. オートファジーの分子機構
4. オートファジー研究を巡る問題点

［トピックス編］

１．ユビキチンと細胞周期（中山 敬一　中山 啓子）

1. M期を制御するユビキチンリガーゼAPC/C
   1. APC/Cの構造
   2. APC/Cの標的分子
   3. 細胞周期におけるAPC/Cの機能
   4. Cdc20からCdh1へのスイッチング
2. G1〜S〜G2期を制御するユビキチンリガーゼSCF複合体
   1. SCF複合体の多様性を生み出すメカニズム
   2. 細胞周期に関与するSCF複合体の標的分子
   3. SCF複合体によるCDKインヒビターの分解
   4. Skp2，Fbw7，Fbw1のノックアウトマウス
   5. 癌タンパク質Skp2と癌抑制タンパク質Fbw7による増殖制御
3. おわりに

２．ユビキチンとアポトーシス −IAPを中心に−（高橋 良輔）

1. アポトーシス阻害タンパク質（IAP）とは
2. ショウジョウバエにおけるIAPとそのE3活性
3. 哺乳類におけるIAPとそのE3活性

３．ユビキチンとDNA修復（伊藤 伸介　田中 亀代次）

1. ヌクレオチド除去修復
2. 転写と共役した修復とユビキチン化
3. ゲノム全体の修復とユビキチン化
4. CSA，DDB2複合体とユビキチンリガーゼ
5. CSA複合体，DDB2複合体によるTCR，GGR機構の制御
6. おわりに

４．ユビキチンと神経変性疾患（長岡 詩子　貫名 信行）

1. ユビキチンとアルツハイマー病（AD）
2. ユビキチンとパーキンソン病（PD）
3. ユビキチンと筋萎縮性側索硬化症（ALS）
4. ユビキチンとポリグルタミン病
5. おわりに

５．ユビキチンとERAD −タンパク質の品質管理−（吉田 雪子）

1. ERADの基本経路
2. 酵母のERADにおけるユビキチンリガーゼ（E3）
   1. Hrd1/Der3
   2. Rsp5
   3. Doa10
3. 哺乳類のERADにおけるE3
   1. gp78/AMFR
   2. CHIP
   3. Parkin
   4. SCFFbs1（FBG1/Fbx2/NFB42）およびSCFFbs2（FBG2/Fbx6b）
4. おわりに

６．細胞内メンブレントラフィックとユビキチン化（松田 憲之　中野 明彦）

1. ユビキチン結合タンパク質
2. ユビキチンの関与するメンブレントラフィック経路
3. ゴルジ体および細胞膜における小胞への積み込みとユビキチン化
4. MVBおよびウイルスの出芽時における小胞への積み込みとユビキチン化
5. おわりに

７．ユビキチンとシグナル伝達（畠山 鎮次）

1. NF-κBシグナルに関与するユビキチン化
2. IKK活性化に関与する非分解系ユビキチン化
3. NF-κBシグナルを負に制御する脱ユビキチン化酵素CYLD
4. 2つのユビキチン様分子のNF-κBシグナルへの関与
5. Wntシグナルにも関与するSCFFbw1複合体
6. TGF-βシグナルとユビキチン化
7. Notchシグナルとユビキチン化
8. 今後の研究の展開