誰でも再現できるNGS「前」サンプル調製プロトコール

■序【鹿島　誠】

■執筆者一覧

第1章　NGS解析の全体像

1　RNA-Seq概論【鹿島　誠】

2　DNAシークエンス技術の進化と現在地【河野暢明】

3　エピジェネティクスとエピゲノム【伊藤　佑】

4　シングルセル解析【安水良明】

5　水圏における環境DNA分析【潮　雅之，辻　冴月】

第2章　実験をはじめる前に検討すること

1　NGSを使った研究のはじめ方【鹿島　誠，小俣和輝，加藤尚志】
　　どこまで相談するか？

2　NGSデータ解析の共同研究や相談の際のTips【尾崎　遼】

3　メタゲノム解析をはじめる前に【東　光一，黒川真臣，森　宙史】

4　シングルセル・トランスクリプトーム解析【芳村美佳，二階堂　愛】
　　バイオインフォ技術員から見た共同研究の進めかた

5　最先端シークエンサーのWet実験で知っておくべきこと【藤江　学】

第3章　DNA調製プロトコール

1　バクテリア【河野暢明】
　　バクテリアからの一般的なゲノムDNA調製

2　酵母【阿部文快】
　　スフェロプラスト化による高純度DNAの抽出

3　マウス【山口新平】
　　組織からのDNA抽出法

4　ゼブラフィッシュ【貞光謙一郎，鹿島　誠，平田晋三】

5　ショウジョウバエ【布施直之】
　　成虫と幼虫からのDNA抽出

6　線虫【菊地泰生】

7　プラナリア【熊谷信是，鹿島　誠】
　　長鎖ゲノム抽出法

8　アリ【岩井碩慶，河野暢明】
　　節足動物を対象としたDNA調製

9　シロイヌナズナ【伊藤　佑】

10　イネ【千装公樹，本田爽太郎，安達俊輔】
　　　ショートリードシークエンスのためのDNA抽出

11　コムギ【岡田萌子】

12　ヒメツリガネゴケ【友井拓実】

13　根圏微生物相【下野綾子】
　　　根からのDNA抽出

14　水圏の環境DNA【潮　雅之，辻　冴月】
　　　分析のための採水・濾過・DNA抽出

第4章　ChIP用調製プロトコール

1　植物組織①【稲垣宗一】
　　簡便・高効率なクロマチン抽出を行えるeChIP法

2　植物組織②【池田陽子，植村美代子，森　泉】
　　ChIP-Seqとその応用編（カキ）

第5章　RNA調製プロトコール

1　酵母【阿部文快】
　　ホットフェノール法によるtotalRNAの抽出

2　マウス【武智真里奈，山口新平】
　　組織からのRNA抽出法

3　ゼブラフィッシュ【氏部浩太，鹿島　誠，平田晋三】

4　ツメガエル大腿骨【伊東正剛，小俣和輝，鹿島　誠，加藤尚志】

5　ツメガエル血球【小俣和輝，塩川雅貴，加藤尚志】
　　採血と遺伝子抽出

6　カエル臓器全般【井川　武，林　舜，小俣和輝，越智陽城，小川斐女，鈴木　誠，鈴木菜花，加藤尚志，荻野　肇】

7　ショウジョウバエ【布施直之】

8　線虫【菊地泰生】

9　ニワトリ胚【小野沙桃実，河西　通】

10　刺胞動物【小林千余子】

11　マツノザイセンチュウ【田中　克】
　　　簡便なRNA抽出法

12　シロイヌナズナ【爲重才覚】
　　　茎頂からのRNA抽出

13　イネ【橋田庸一】
　　　デンプンの多いサンプル

14　ヒメツリガネゴケ【友井拓実】

15　オオムギ【井藤　純，辻　寛之】

16　樹木葉・枝【萩原幹花，栗田悠子】

17　コンニャク【橋田庸一】
　　　水溶性多糖類の多いサンプル

18　piRNA【山田紘実，岩崎由香】
　　　配列解析にむけた精製

19　イネ生殖組織のsmallRNA【小宮怜奈】

　　　　RNA-IPを用いたsmallRNAトランスクリプトーム

第6章　シングルセル調製プロトコール

1　マウス脳【武智真里奈，山口新平】
　　シングルセル解析のための細胞回収

2　植物核抽出【石　東博】
　　セルソーターによるシングル核解析に適した抽出

3　ゼブラフィッシュ【田崎純一，劉　舒捷】
　　シングルセル解析に向けた胚の分散

4　メダカリンパ球【岩波礼将，坂口ひより】
　　セルソーティングによる調製

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