配列のアライメント結果を縦に見て，各位置におけるアミノ酸もしくは塩基の出現頻度を計算し数値化した行列．対象となる生物の全アミノ酸配列や全塩基配列における各アミノ酸もしくは塩基の出現頻度で割って定量化することもある．（実験医学増刊267より）

バイオデータベースとソフトウェア最前線

DNA解析からRNA・タンパク質の機能解明，エピジェネティクス研究，システム生物学と誰もが使う文献検索の新機能

森下真一，阿久津達也／編