既製品のアレイをカタログアレイ(catalog array),ユーザーが独自のSNP などを搭載したアレイをカスタムアレイ(custom array)と呼ぶ.カスタムアレイには,カタログアレイにマーカーを追加したセミカスタムと,搭載されたマーカーのうちクオリティ・コントロール用を除く大部分がユーザー指定であるフルカスタムの2種類がある.