あるファミリー中のタンパク質に共通するアミノ酸配列パターン(配列プロファイル,モチーフ,フィンガープリント,などの名称でよばれる)をあらかじめ定義しておけば,与えられたタンパク質の配列がそのパターンをもつかどうかを調べることによって,そのタンパク質がそのファミリーに属するかどうかを判定することができる.そのような方法を,配列プロファイル法,モチーフ法,フィンガープリント法,などとよぶ.