ASMS

供試化合物をタンパク質と相互作用させ，アフィニティをもつ化合物をもたない化合物から分離（bound/free分離）後，これを質量分析器により同定する．アフィニティが高くとも溶解度が低い化合物は混合液中で反応系外へ除かれfalse negativeとなる点や，アフィニティの中程度の化合物はbound/free分離操作で結合が外れてしまう問題点もあるが，いわゆるアロステリックな阻害剤を検出できる可能性もある．なお，化合物とタンパク質との相互作用様式は明らかにできないためタンパク質の活性部位以外で非特異的に結合する化合物を除外することはできない．