最尤法
さいゆうほう
仮定されたモデルの下で,観測データの実現する確率が,そのモデルの尤もらしさ(尤度)とされる.分子系統樹の推定では,分子進化のモデルを仮定したうえで,候補となる系統樹が,与えられた配列データを実現する確率が計算され,樹形や枝長などの探索を通して得られた(対数)尤度最大となる系統樹が採用される.ここで紹介した研究では,系統樹と進化モデルはあらかじめ与えられており,マーカー遺伝子配列を系統樹のさまざまな候補位置に配置し,各々尤度が計算される.(バイオテクノロジージャーナル74より)
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