MS/MSとはペプチドの質量を測定した後,そのペプチドをさらに細かく分解し,もう一度ペプチド断片の質量を測定することによって,アミノ酸配列を決定する方法である.通常,分析するものはペプチドの混合物なので,液体クロマトグラフィー(LC)などであらかじめペプチドを分離しておいて,それぞれのペプチドをMS/MS分析することによって(LC-MS/MS),ペプチド混合物をまとめて分析し,大規模に同定することができる.