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bisulfite処理後はメチル化されたDNAとメチル化されていないDNAとで処理前にCpG部位であったところの塩基配列が異なるようになる．このような部位を含むようにメチル化DNA配列に基づいたプライマー（M），非メチル化DNA配列に基づいたプライマー（U）をそれぞれ設定しPCRする．M，UそれぞれのPCR産物の有無によりメチル化状態を解析する．（バイオテクノロジージャーナル74より）
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