論文図表を読む作法

序【牛島俊和，中山敬一】

第1章　色々な解析に使えるエッセンシャル【編集協力：島村徹平】

1　統計的仮説検定とp値

2　多重比較と多重検定補正

3　信頼区間

4　t検定

5　ANOVA

6　棒グラフ

7　相関解析

8　線形回帰

9　カーブフィッティング

第2章　核酸解析【編集：牛島俊和】

1　バイオアナライザ・TapeStationとRIN値・DIN値

2　アガロースゲル電気泳動

3　PCR／RT-PCR

4　定量的PCR

5　デジタルPCR

6　バイサルファイトシークエンス

7　G分染法

8　DNA-FISH解析

9　間期核FISH解析

10　Promoterアッセイ

11　Gel Shiftアッセイ

第3章　細胞の形態や性質の解析【編集協力：金田篤志】

1　免疫組織化学

2　蛍光染色

3　走査電子顕微鏡

4　透過電子顕微鏡

5　細胞増殖アッセイ

6　フローサイトメトリー

7　細胞周期

8　Annexin Ⅴ assay／Sub-G1 assay

9　TUNEL assay／Comet assay

10　薬剤感受性試験

11　細胞運動能アッセイ

12　Oil Red O染色

13　3D culture

14　造腫瘍性（同種・異種移植実験）

15　細胞老化

第4章　タンパク質解析【編集：中山敬一】

1　ポリアクリルアミド電気泳動

2　Western blot

3　二次元電気泳動

4　FRET

5　タンパク質半減期測定

6　ユビキチン化アッセイ

7　オーキシンデグロン法

8　PROTAC

9　Fluoppi

10　BiFC／SplitGFP

11　インターラクトーム解析

12　ELISA法

13　IP／RIP

14　カラムクロマトグラフィー

15　ショットガンプロテオミクス

16　ターゲットプロテオミクス

17　結晶構造解析

18　クライオ単粒子解析

19　NMR解析

20　表面プラズモン共鳴法

21　等温滴定型カロリメトリー

22　Phos-tag

23　インビトロヘリカーゼアッセイ

24　ショ糖密度勾配遠心法

25　高速AFM

第5章　代謝解析【編集協力：尾池雄一】

1　リピドミクス

2　細胞外フラックス解析

3　高血糖クランプ／高インスリン正常血糖クランプ

4　ブドウ糖負荷試験／インスリン負荷試験

5　メタボローム解析／代謝フラックス解析

6　代謝ケージによるマウス代謝測定

7　寒冷刺激試験

第6章　実験動物・遺伝子改変動物解析【編集：中山敬一】

1　CT

2　MRI

3　PET／SPECT

4　光イメージング

5　Cre/loxPシステム

6　遺伝学的系統追跡

7　電気生理学的手法

8　覚醒下脳イメージング

9　光遺伝学

10　オープンフィールド試験

11　モリス水迷路試験

12　Three-Chamber test

第7章　NGSなどを用いた網羅的解析【編集協力：兒島孝明】

共通

1　マイクロアレイ

2　Volcano plot

3　Pairwise scatter plot

4　Gene ontology解析

5　階層的クラスタリング

6　k-meansクラスター解析

7　PCA

8　メタジーン解析

9　モチーフ図

10　STRING（ネットワーク解析）

11　KEGG pathway

12　ネットワーク解析

変異とSNP（GWAS）

13　変異シグネチャー

14　Circos plot

15　Manhattan plot

16　Regional plot

17　ハプロタイプ

18　Accumulation curve

発現

19　MA plot（RNA-seq）

20　t-SNE／UMAP（シングルセルRNA-seq）

21　Trajectory 解析／Pseudotime解析

22　RNA velocity解析

23　TCR/BCRレパトア解析

24　Ribo-seq

エピゲノム解析

25　ChIP-seq

26　ATAC-seq

27　Hi-C

第8章　マイクロバイオーム・メタゲノム解析【編集協力：長谷耕二】

1　16SリボソームRNA配列解析

2　ショットガン・メタゲノム解析

3　注釈付き系統樹

4　α多様性解析

5　β多様性解析

第9章　臨床情報解析【編集協力：山本精一郎】

1　Kaplan-Meier法

2　ROC曲線

3　多変量解析

4　メタアナリシス

索引