クローズアップ実験法

2024年10月号 Vol.42 No.16 詳細ページ
ChIP-Atlas 3.0：世界最大のエピゲノムデータ解析インフラ
鄒　兆南，沖　真弥
374 ChIP-Atlas 3.0: 世界最大のエピゲノムデータ 解析インフラ 鄒 兆南,沖 真弥 何ができるようになった? 論文で報告されたすべての ChIP-seq,ATAC-seq,Bisulfite-seq データ(計約 40 万件)を閲覧 できる.また,それらをフル活用したオンライン解析ツールも提供されており,遺伝子の転写制御機 構を理解するためのデータマイニングができる. 必要な機器・試薬・テクニックは? Mac,Windows,Linux などのパソコンをインターネット接続すれば,誰でも無料で利用できる. 操作のほとんどがマウスクリックで済むため,シークエンス解析のスキルも必要ない. はじめに 最近のバージョン 3.0 では,ゲノムの三次元構造(Hi-C, 多細胞生物は細胞種によって異なる遺伝子セットを eQTL)・疾患ゲノム(GWAS SNPs)などの機能注釈 発現している.この多様な遺伝子発現制御機構を探る 情報をさらに統合するとともに,新たな解析機能(Diff ため ,転写因子などの DNA 結合タンパク質を解析す Analysis)を実装した 4). る ChIP-seq 法が広く利用され,その公開データが大 量に蓄積されてきた.情報学の知識を有しない研究者 でもこの「宝の山」を有効活用できるように,われわ 原理 れは 2015 年より論文などで報告されているすべての 前述のように,論文などで報告されたほぼすべて(約 ChIP-seq データ(約 25 万件,2024 年 7 月現在)を網 40 万件)のChIP-seq,ATAC-seq,Bisulfite-seq 実験 羅的に収集・解析したデータベース ChIP-Atlas を開発 データが NCBI SRA などの公共レポジトリに登録され しており 1),その使い方について本誌 2019 年 10 月号に ている.われわれはそこにアーカイブされている塩基 2) 寄稿している .その後の ChIP-Atlas はさらに進化を 配列の生データ(約 15 兆 reads)をすべてダウンロー 遂げており,バージョン 2.0 ではATAC-seq とBisulfite- ドし,スパコンを用いてリファレンスゲノムへのマッ seq データの追加により ,所与のゲノム領域へのタン ピングとピークコールを行った後,解析済みデータを パク質結合だけでなく ,オープンクロマチン情報や ウェブサイトから公開している(図 1A) .これら数十 3) DNA メチル化状態も理解できるようになった .また 万件にも及ぶビッグデータをもとに,ChIP-Atlas の ChIP-Atlas 3.0: The world s largest epigenome data infrastructure Zhaonan Zou / Shinya Oki:Institute of Resource Development and Analysis, Kumamoto University(熊本大学生命資源研 究・支援センター) 2554 実験医学 Vol. 42 No. 16(10 月号)2024
羊土社会員の方はこちら
会員でない方はこちら

羊土社会員についてはこちらをご確認ください．