次世代シークエンス解析スタンダード

Ⅰ　基礎編

1 NGSのアプリケーションと今後の展望【渡辺　亮／野宮　唯／北岡文美代／中村正裕】

2 NGSの試薬選択ガイド【渡辺　亮／田中　梓／北野優子／桑原順子】

3 現行機種の長所・短所とその選択【中村昇太】

4 NGS解析の要　品質管理の重要性と方法【樽井　寛】

5 NGSデータ解析に必要なコンピューティングの基礎【二階堂 愛】

Ⅱ　プロトコール　メディカル・クリニカルシークエンス

1 メンデル遺伝性疾患の原因遺伝子を解明する　Exome-seq【鶴﨑美徳】

2 遺伝子診断　ターゲットキャプチャ【才津浩智】

3 アンプリコンシークエンスのためのプライマーを自在に設計する【熊井広哉】

4 がんゲノムから後天的変異を抽出する　Genomon-exomeにおける方法論【白石友一／千葉健一／宮野　悟】

5 HLA遺伝子の完全配列を決定する【細道一善／井ノ上逸朗】

6 ヒトゲノム・オミックス情報をコホート研究に応用する【清水厚志／八谷剛史／田原康玄】

Ⅲ　プロトコール　エピゲノム

A ChIP-seq

1 ヒストン修飾や転写因子の結合領域を同定するコツやポイント【門田満隆／蓑田亜希子】

2 RとBioconductorでChIP-seq データを解析する【二階堂 愛】

3 高精度で結合領域を決定する　GeF-seq【大島　拓／石川　周／Chumsakul Onuma／中村建介】

B DNAメチル化解析

1 バイサルファイト変換で全ゲノムDNAメチル化を定量する　PBAT法【三浦史仁／伊藤隆司】

2 メチル化結合タンパク質でDNAメチル化領域を濃縮する　MBD-seq法【團野宏樹／笹川洋平／二階堂 愛】

3 メチル化感受性制限酵素を利用しメチル化領域を検出する①　HELPアッセイの基本と微量DNAメチル化解析を可能とするサンプル調製法【池田理恵子／阿部訓也】

4 メチル化感受性制限酵素を利用しメチル化領域を検出する②　NGSを用いたHELP-taggingの実際【鈴木雅子／阿部訓也】

C クロマチンアクセシビリティ解析

1 クロマチン立体構造を評価する　3C, ChIA-PET【井上　剛／小林美佳／和田洋一郎】

2 オープンクロマチンを同定する　FAIRE-seq【中村正裕／脇　裕典】

Ⅳ　プロトコール　トランスクリプトーム・転写制御

1 急速に普及するRNA-Seqで遺伝子発現をみる【鈴木絢子／鈴木　穣／菅野純夫】

2 １細胞から遺伝子発現を網羅的にみる　Quartz-Seq【笹川洋平／二階堂 愛】

3 CAGE法で転写制御領域を解析する　fastCAGE調製法【村田光義／大宮寛子／末木広美／石山美樹／長谷川 哲／Timo Lassmann／伊藤昌可】

Ⅴ　プロトコール　環境・進化・生物資源

1 難読領域を含む微生物ゲノム完全長配列をde Novoに決定する　PacBio RS Ⅱを用いたアセンブル【寺林靖宣／照屋邦子／佐藤万仁】

2 細菌種や組成を調べる　メタ16Sとメタゲノム解析【須田　亙／大島健志朗／服部正平】

3 微生物コミュニティの遺伝子レパートリーを調べる　メタゲノムデータ解析【八谷剛史】

4 ゲノム情報のない生物種の新規ゲノム配列を決定する【藤江　学／山崎慎一】

5 非モデル生物の遺伝子発現をみる　RNA-Seqとde novoゲノム【尾崎克久】

6 非モデル生物のSNPを探索する　RAD-seq【柿岡　諒】

7 育種へ応用する　MutMap【阿部　陽／高木宏樹／小杉俊一／夏目　俊／八重樫弘樹／吉田健太郎／寺内良平】

Ⅵ　プロトコール　データ解析と環境構築

1 解析環境を導入する　スパコンの利用【小笠原 理】

2 LPMを用いて解析環境を構築する【笠原雅弘】

3 Galaxyを用いてグラフィカルに解析する　解析パイプラインによるChIP-seqとCAGEデータの利用【下地　寿／川路英哉】

4 DDBJ Read Annotation Pipeline　解析パイプラインによるRNA-Seq de novo assemblyとイネ多型解析【長崎英樹／望月孝子／谷沢靖洋／神沼英里／中村保一】

5 変異を解析する　グラフィカルなインターフェイスを使って【宮本真理】

6 ゲノムブラウザを用いて可視化する①　UTGB Toolkitによる可視化【斉藤太郎】

7 ゲノムブラウザを用いて可視化する②　GenomeJackによる可視化【石川元一／野原祥夫／谷嶋成樹】

8 NGSデータを公共データベースへ登録する【児玉悠一／真島　淳／高木利久／中村保一】