RNA-Seq実験ハンドブック

序【鈴木　穣】

概論:RNA-Seqとは何か? 何ができるのか?【今村聖実,鈴木絢子】

第1章　RNA-Seqの基本　試料調製と発現解析の標準的なプロトコール.

1. Total RNAの抽出【関　真秀,今村聖実】

2. RNAとライブラリーの定量とクオリティコントロール【関　真秀,今村聖実】

3. Stranded mRNA-Seq【金井昭教】

4. RNA-Seqデータのマッピング　遺伝子発現解析を例に【前川　翔,鈴木絢子】

5. miRNAを標的としたRNA-Seq　RNA免疫沈降法を中心に【兼松宗太郎】

6. 細胞画分からのRNA-Seq　目的に応じたRNAを解析するために【谷本幸介】

7. 組織サンプルの固定とRNA抽出【山下　聡】

8. ヒト血液検体のトランスクリプトーム解析　ゲノムコホートにおける前処理・輸送・抽出を例に【大桃秀樹,古川亮平,清水厚志】

9. 微量サンプルからのRNA-Seq【関　真秀】

10. RNA-Seq用途別シークエンサーの選び方【近藤直人】

第2章　発展的手法　発現解析以外の発展的手法およびシングルセル解析.

1. CAGE法を用いた転写制御領域の解析【村田光義,末木広美,石山美樹,吉原正仁,伊藤昌可】

2. 転写開始点データベースDBTSSによる転写制御解析【山下理宇】

3. RNA-SeqによるA-to-I RNA編集の検出 【ガリポン ジョゼフィーヌ(Josephine Galipon),石黒　宗,冨田　勝,程 久美子】

4. 3'-seqによる選択的ポリアデニル化の網羅的な解析【今町直登,秋光信佳】

5. リボソームプロファイリングによる細胞内翻訳反応評価【秋光信佳】

6. RNAの合成・分解を定量するシークエンス技術【前川　翔,鈴木　穣】

7. BRIC-Seqによる網羅的なRNA分解速度測定法【秋光信佳】

8. CLIP法とその改良法によるタンパク質結合RNAの高解像度解析【河原行郎】

9. シングルセル①:機器・方法編　C1以外で世界的に開発されている機器・方法について【橋本真一】

10. シングルセル②:試薬・キット編　改変型SMART-Seq2プロトコールを交えて【奥野浩行】

11. シングルセル③:C1システムのプロトコールと実施例【鈴木絢子】

12. 超並列レポーターアッセイによる転写制御解析 【入江拓磨】

第3章 応用例

1. 細菌叢研究におけるRNA-Seq　メタトランスクリプトームによる菌種・機能の解析【恒吉桃香,十倉充範,大島健志朗,須田　亙】

2. 免疫研究におけるRNA-Seq　システム免疫学へのアプローチ【三野享史,竹内　理】

3. がん研究におけるRNA-Seq　がんのシステム異常を情報学的に俯瞰する 【白石友一,新井田厚司,宮野　悟】

4. 神経研究におけるRNA-Seq　シングルセルRNA-Seqによる新たな細胞種の発見を例に【岸　雄介】

5. 遺伝性疾患研究におけるRNA-Seq　先天異常症候群における遺伝子発現異常を例に【泉　幸佑】

6. 感染症研究におけるRNA-Seq　マラリアの宿主–病原体相互作用を例に【山岸潤也】

第4章　新技術

1. 多様なトランスクリプトーム解析技術【鈴木絢子】

2. PacBio1分子実時間シーケンシング　ゲノム,トランスクリプトーム,エピゲノム解析への応用【森下真一】

3. ナノポアシークエンサーMinION　超小型装置によるRNA解析【鈴木絢子,Lucky Runtuwene,阿部佳澄,鈴木　穣】

第5章　インフォマティクスとデータベース

1. マイクロRNA研究を加速するデータベース【木立尚孝】

2. RNA2次構造とRNA間相互作用の予測【浅井　潔】

3. ヒトのオミクス情報を扱うデータベース　トランスクリプトームデータベースGTExと東北メディカル・メガバンク事業を例に【山下理宇】

4. FANTOM/ENCODEに関するデータベース・ウェブツール　大規模プロジェクトのデータを利用する【野口修平,粕川雄也,Piero Carninci】

Column

1. RNA-SeqのためのR教育の現状と課題【門田幸二】

2. 頭の痛いノンコーディングRNA【菅野純夫】

3. RNA-Seqはこうして誕生したーそしてデータ再利用へ【坊農秀雅】

4. NGSデータ解析者の苦悩とその解決策【八谷剛史,清水厚志】

索引