バイオデータベースとウェブツールの手とり足とり活用法

序【中村保一】

掲載サイトの使用目的別分類図から自分にあったサイトを探そう【石川　淳】

本書を読む前に知っておきたい重要用語【荒　武】

第１章　キーワードによる検索，文献，文書データ

No.1　医学・生物学研究のための検索エンジン活用【二階堂　愛】

• 最強の検索エンジンを使いこなしあらゆるバイオデータベースを検索する

No.2　PubMed【石川　淳】

• 医学・生物学関係の文献検索の定番

No.3　特許電子図書館：IPDL【大井　隆】

• 特許庁へ出願後，公開・登録された特許を「無料」で検索・閲覧できるデータベース

【コラム】目からウロコの無料英文チェック？【石川　淳】

第２章　ゲノム・核酸配列解析

No.4　NCBI-BLAST【中村保一】

• 高速で多機能な，配列類似検索サイトの決定版

No.5　The UCSC Genome Browser【長嶋剛史】

• 高速，直感的，多機能なゲノムブラウザ

No.6　GeneMark™およびGIimmer3【黒川　顕】

• 塩基配列を入力することで，遺伝子領域を予測することができる

No.7　DBTSS/TRANSFAC（MATCH）【鈴木　穣，山下理宇，中井謙太，菅野純夫】

• ヒト遺伝子の転写開始点の同定とプロモーター配列の解析ができる

No.8　Ensembl（Ensembl Genome Browser）【坊農秀雅】

• 真核生物のゲノムが簡単に検索，閲覧できる

No.9　HapMap Project（International HapMap Project）【神田将和】

• ４ヵ国からなる集団で調べられたSNP（Single Nucleotide Polymorphism，１塩基多型，スニップ）およびハプロタイプのデータを調べることができる

第３章　タンパク質配列解析

●1．類似検索

No.10　NCBI Protein BLAST【藤澤貴智 】

• まずはここからタンパク質類似検索

●2．マルチプルアラインメント

No.11　DDBJにおけるCLUSTALW【今西　規】

• DNA配列やタンパク質配列データのアラインメントを作成するための標準的なソフト．日本DNAデータバンクで公開されているサービスを使えば，簡単な操作で高度な機能を使うことができる

●3．モチーフ・プロファイル検索

No.12　InterProScan【菊野玲子】

• 多様な配列特徴データベースの一括検索．ファミリー，ドメイン，モチーフ検索の決定版

●4．タンパク質の細胞内局在化予測

No.13　PSORT【Paul Horton，中井謙太】

• 世界的に知られるアミノ酸配列の細胞内局在化シグナルと局在部位の予測プログラムシリーズ

NO.14　SOSUI，TMHMM【広川貴次】

• アミノ酸配列から高速に膜タンパク質の判別や膜貫通領域の解析ができる

●5．高次構造・比較分類

NO.15　Protein Data Bank japan（PDBj）【中村春木】

• タンパク質・核酸などの生体高分子立体構造データの登録・検索・ダウンロードのサイト

No.16　SCOP（Structural Classification of Proteins）【太田元規】

• タンパク質立体構造分類データベースの世界標準

第４章　発現プロファイル・パスウェイ解析・プロテオミクス

●1．発現プロファイル

No.17　GO【荒　　武】

• この用語，用例事典で遺伝子機能情報の収集，分類，解析が楽々に！

No.18　GEO【岡田吉史，藤渕　航】

• 検索・閲覧・解析が可能な世界最大の遺伝子発現データレポジトリ

No.19　GNF SymAtlas【粕川雄也】

• ヒト/マウス/ラットのさまざまな組織や細胞株の遺伝子発現プロファイルを調べられる

●2．パスウェイ

No.20　KEGG PATHWAY【平川美夏】

• 電子版代謝マップと思いきや，ゲノムを生命現象に投影するネットワークツール

No.21　Reactome【河野　信】

• ヒトのパスウェイ解析の決定版

●3．プロテオミクス

No.22　ExPASy Proteomics tools【高田耕司】

• タンパク質の同定・解析に有用な各種のウェブツールがそろっている

No.23　Mascot【川上隆雄】

• 質量分析を用いるプロテオミクスで定番の検索アルゴリズムとして名高い

【コラム】データベースやウェブツールを利用している論文の探し方【石川　淳】

第５章　マテリアル系

●1．試薬・化合物データベース

No.24　ChemIDplusおよびPubChem【植木雅志】

• 化合物を名前や構造式，分子量，さらに生物活性などで検索できる秀逸サイト

No.25　KEGG LIGAND【平川美夏】

• 代謝化合物と反応から糖鎖，医薬へと広がる，ケミカルゲノムの出発点

●2．バイオリソースデータベース

No.26　National BioResource Project：NBRP【山崎由紀子】

• ライフサイエンスの実験研究を支える日本発バイオリソースデータベース群！

No.27　ATCC®　The Global Bioresource Center™【山崎由紀子，西村順子】

• バイオリソースセンターの老舗．世界最大の細胞・微生物・遺伝子バンク

付　録　役立つウェブサイト集【礒合　敦】

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