プロテオーム解析マニュアル

概論

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プロテオーム研究の最新動向　（高橋信弘　礒辺俊明）


1章　2D-PAGE/MS法による発現プロファイル解析

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1　二次元電気泳動法による発現解析
　　 —蛍光ラベルされたタンパク質の二次元電気泳動 　（近藤 格　廣橋説雄）

2　スポット同定のための質量分析法 —MALDI-TOF/PMF法・
　　de novo sequencing法 　（里見佳典　高尾敏文）

3　同定データの整理法 —GIからのデータ整理 　（山本匡彦　高橋信弘）


2章　オンラインLC-MS法による発現プロファイル解析

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1　試料の前処理法　（新川高志　梶 裕之　礒辺俊明）

2　装置と運転
a）スプリット型LC-MS法　（中山 洋）
b）タンパク質複合体解析のためのダイレクトナノフローLC-MS法　（山内芳雄　田岡万悟　夏目 徹
　　早野俊哉　高橋信弘　礒辺俊明）
c）タンパク質の大規模解析のための二次元LC-MS法　（田岡万悟　山内芳雄　梶 裕之　礒辺俊明）

3　大規模プロテオーム解析のためのデータ処理法　（新川高志　田岡万悟　梶 裕之　礒辺俊明）

4　定量のための標識法
a）in vitroラベル法　（荒木令江）
b）in vivoラベル法　（松本雅記　中山敬一）


3章　翻訳後修飾解析法

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1　質量分析によるリン酸化タンパク質の解析　（小田吉哉）

2　糖鎖修飾タンパク質の大規模同定法　（梶 裕之　礒辺俊明）

3　ユビキチン化修飾解析法　（松本雅記　中山敬一）


4章　機能プロテオミクス解析法

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1　タンパク質相互作用解析法（タグの設計〜プルダウン法）
a）エピトープタグ発現法　（市村 徹　垣内一恵　笹本 要　礒辺俊明）
b）アフィニティー交換法　（藤山沙理　高橋信弘）
c）抗体による内在性複合体の単離法　（泉川桂一　高橋信弘）

2　プロテインチップ法 —表面プラズモン共鳴イメージング法による多点同時相互作用解析
　　（京 基樹　本橋ほづみ　山本雅之）

3　新しい相互作用解析法
a）SPR-MSによるタンパク質複合体解析法 —アッセンブリースナップショット法による動態解析
　　（早野俊哉　高橋信弘）
b）出芽酵母における選択的タンパク質分解を用いた新たな生体内機能的プロテオミクス
　　（鐘巻将人　Karim Labib）
c）ピューロマイシン誘導体を利用した選択的なタンパク質のC末端ラベル法　（田渕一郎）

4　プロテオームに基づいた創薬
a）Chemical Proteomics —薬剤刺激による発現定量解析と化合物固定化カラムによる
　　薬剤標的タンパク質の同定 　（佐藤俊孝　小田吉哉）
b）Biacoreを用いた“タンパク質−薬物相互作用解析”の新たなアプローチ
　　（浅野和信　橋本せつ子）

5　大規模相互作用解析のための情報処理—文献情報によるタンパク質相互作用データの評価法
　　（大田佳宏）


付録

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データ整理ソフトウェア「fromGI」のダウンロードとインストール方法