クローズアップ実験法

2023年6月号 Vol.41 No.9 詳細ページ
Direct-TRI とLasy-Seq を用いた低コスト・ハイスループットなbulk RNA-seq
鹿島　誠，平田普三
358 Direct-TRIとLasy-Seqを 用いた低コスト・ハイスルー プットなbulk RNA-seq 鹿島 誠,平田普三 何ができるようになった? RNA-Seq は非常に強力なアプローチであるが,手間とコストがかかる手法であり,日常的な使用 や大規模な遺伝子発現解析の実施は困難であった .われわれは ,独自の技術群 (RNA 抽出法: Direct-TRI,ライブラリー調製法:Lasy-Seq)を組合わせることで,低コスト・ハイスループット な RNA-Seq を実現した. 必要な機器・試薬・テクニックは? 一般的な分子実験機器に加えて,Direct-TRI には,スイング式で 56 mm の高さのプレートを遠 心可能な遠心機を必要とする.Lasy-Seq は,マルチプレックス数種類分の index 付き dT プライ マー,qPCR 装置,精製用マグネット,蛍光ベース核酸定量装置を必要とする. はじめに リー調製法は,複数段階の酵素反応を検体数分だけ独 ほとんどの生命現象の変化は遺伝子発現の変化を伴 立に行う必要があり,費用・手間の両面で,多検体化 う . そのため , 全 遺 伝 子 の発 現 情 報 を取 得 する が困難であった.本稿では,これらの課題をクリアす RNA-Seq は,網羅性と定量性を高いレベルで兼ね備 るためにわれわれが運用している独自技術群〔RNA 抽 えた優れた研究手法である.しかし,次世代シークエ 出法「Direct-TRI」1)と 3 ′RNA-Seq ライブラリー調 ンサー(NGS)の進歩によりシークエンスコストが下 製法「Lasy-Seq ver. 1.1(ver. 1.0 よりも二本鎖 cDNA がったとはいえ,RNA 抽出とライブラリー調製にかか 断片化反応を頑健化) 」2)3)〕について紹介する.本手 る手間と費用が,日常的な RNA-Seq の利用の妨げに 法により,RNA 抽出からシークエンスを含めて 3,000 なっていた.RNA 抽出では,フェノールクロロホルム 円 / 検体での解析が可能となる. 法では慎重なピペット操作が要求され,多検体処理は 困難である.一方で,RNeasy などのシリカカラムベー スの手法では複雑な操作がなく多検体化が容易な反面, 原理 フェノールベースの手法に比べて収量が少なく,コス Direct-TRI は Direct-zol™(Zymo Research 社)を トもかかる.また,TruSeq などの一般的なライブラ 参考に開発した手法であり,酸性グアニジンチオシア Direct-TRI and Lasy-Seq: cost-effective and high-throughput RNA-Seq techniques Makoto Kashima/Hiromi Hirata:Department of Chemistry and Biological science, College of Science and Engineering Aoyama Gakuin University(青山学院大学理工学部化学・生命科学科脳科学研究室) 1474 実験医学 Vol. 41 No. 9(6 月号)2023
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