クローズアップ実験法

2023年10月号 Vol.41 No.16 詳細ページ
TogoDX/Human：ヒトに関するデータを統合的に探索･俯瞰･抽出するためのアプリケーション
守屋勇樹，小野浩雅
362 TogoDX/Human:ヒトに関する データを統合的に探索･俯瞰･抽 出するためのアプリケーション 守屋勇樹,小野浩雅 何ができるようになった? TogoDX(Togo Data eXplorer)/Human 1)はヒト関連データを統合的にワンストップで探索す るためのウェブアプリケーションである.遺伝子 ,タンパク質 ,化合物 ,疾患などの多様な分野の データベースから,さまざまな“Attribute” (遺伝子発現パターン,タンパク質の局在,疾患による 分類など)でデータを探索することが可能となっており,データの特徴や関連性を把握しながら,注 目する Attribute を組み合わせてデータを抽出することができる. 必要な機器・試薬・テクニックは? ウェブブラウザからアクセスすることで誰でも自由に無償で利用できる .ユーザー自身のもつ ID リストがあれば,それを TogoDX/Human にマップすることで各 Attribute における分布や偏りを 俯瞰することができる.また,ID の種類がサポート外であった場合でも,同組織で開発した TogoID 2) を用いてサポートする ID に変換することで利用することができる. はじめに する異なるフォーマットのデータをそれぞれに検索し, 生命科学分野では,これまで実験によって蓄積され 拾い集め,適切なデータ処理をし,統合して解析を行 てきた知識を収録するための膨大な数のデータベース うという一連の作業のために多くの時間と労力を費や が構築されており,現在ではこれらを用いたデータ駆 すことになる.特にデータが膨大で多岐にわたってい 動型研究もさかんに行われるようになってきている . るヒトの研究において,その労力は計り知れない. 一方で,各データベースはこれまでそれぞれの組織で この問題を解決するために,われわれは新たなウェ 独立に開発されてきたという背景から,体系的な知識 ブアプリケーション TogoDX/Human を開発した.こ の整理はデータベース内で完結しており,近年の複数 のアプリケーションはヒトに関連した複数のドメイン のデータベースを統合して扱うという研究者のニーズ に跨ったデータの統合的な探索と俯瞰を可能にする全 に必ずしも応えられているとは言えない.そのために, く新しいフレームワークとなっており,膨大な情報を 研究者は多くのデータベースやリソースに跨って存在 多様な Attribute によって柔軟に絞り込み,必要な情 TogoDX/Human:An application for integrated exploration of human-related data Yuki Moriya/Hiromasa Ono:Database Center for Life Science, Joint Support-Center for Data Science Research, Research Organization of Information and Systems〔情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設ライフサイエンス統合 データベースセンター(DBCLS)〕 2662 実験医学 Vol. 41 No. 16(10 月号)2023
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