『マイクロバイオータ』は微生物叢を指す．例えば，皮膚に存在する常在微生物叢は皮膚マイクロバイオータ（skin microbiota）とよばれる．『マイクロバイオーム』も「微生物叢」という意味で使われるが，本来は微生物叢に加えてその保有ゲノムや遺伝子産物を含めた概念である．本稿では統一してマイクロバイオームを用いる．なお，かつてよく使われていた，『腸内フローラ』という言葉は，植物相を連想させることから学術用語としては現在ではあまり使われない．（実験医学増刊4217より）

マイクロバイオームと医療応用　全身の微生物叢が生理機能と病態をいかに制御するか？

長谷耕二／編

微生物によるコミュニティ＋微生物の存在する環境，代謝物，微生物の構成物（DNAなど）．（実験医学2023年6月号より）

学術的には微生物叢はマイクロバイオータが正しいが，JMBCではすでに一般に定着しているマイクロバイオームを用いている．（実験医学増刊372より）

腸内細菌叢　健康と疾患を制御するエコシステム

大野博司／編