一定以上の類似度（一般的には96〜97％）を持つ配列同士を1つの菌種のように扱うための操作上の分類単位．（実験医学増刊4217より）

マイクロバイオームと医療応用　全身の微生物叢が生理機能と病態をいかに制御するか？

長谷耕二／編

OTUは，16S rRNA遺伝子のアンプリコン解析で得られた塩基配列データを，ある閾値以上（一般的に97％以上）の類似度でまとめる操作上の単位のことで，各OTUを1つの菌種として扱う．類似した塩基配列を1つにまとめるため，シークエンスエラーに起因する過大な分類は減少する反面，塩基配列が閾値以上類似した異なる菌種を識別することはできず，生物学的な分類とは必ずしも一致しない．（実験医学2021年10月号より）

DNA配列をもとにまとめられた生物の単位を便宜的に扱う際に用いる単位である．「16S rRNA配列で97％一致する」といったかたちで，定義される．生物種といった生物の分類階層に必ずしも一致しない場合が多いので，取扱には注意を要する．（実験医学2020年11月号より）