エピジェネティクス実験スタンダード

はじめに【牛島俊和，眞貝洋一，塩見春彦】

Ⅰ エピジェネティクス解析ナビ

1．DNAメチル化解析ナビ【牛島俊和】

2．ヒストン化学修飾解析ナビ【眞貝洋一】

3．エピゲノム制御因子としての非コードRNA解析ナビ【塩見春彦】

Ⅱ DNAメチル化解析

A 個別領域の解析

1．領域特異的バイサルファイトシークエンシング【前之原章司，鵜木元香】

2．メチル化特異的PCR法【竹島秀幸，牛島俊和】

3．制限酵素によるDNAメチル化検出【新沼　猛，鈴木　拓】

4．パイロシークエンス法 複数のCpGメチル化の定量【新城恵子，近藤　豊】

5．MassARRAYを用いたメチル化解析【高根希世子，八木浩一，金田篤志】

6．DNAメチル化酵素活性の解析【末武　勲，三島優一，高橋沙央里，古川亜矢子】

7．5-ヒドロキシメチルシトシンの解析 DNA免疫沈降-リアルタイムPCR（DIP-qPCR）【山口新平】

8．DNA脱メチル化剤とHDAC阻害剤の処理【服部奈緒子，牛島俊和】

B 網羅的解析

9．Infinium【山下　聡，飯田直子，服部奈緒子，竹島秀幸，牛島俊和】

10．PBAT法によるメチローム解析【三浦史仁，伊藤隆司】

11．MeDIP-Seq法：メチルシトシン抗体による免疫沈降法【永江玄太】

Ⅲ ヒストン化学修飾解析

A 全体像の解析

1．ヒストン修飾抗体を用いたウエスタンブロット解析【立花　誠】

2．ヒストン修飾のイメージング【木村　宏】

B 個別領域の解析

3．クロマチン免疫沈降（ChIP）法【加藤雅紀，眞貝洋一】

C 網羅的解析

4．ChIP-Seq【加藤由起，坂東優篤，白髭克彦】

5．エピゲノムデータベースの現状と活用【渡辺　亮，中村正裕，岡田千尋】

D 酵素活性の測定

6．HDAC活性・HAT活性測定法【伊藤昭博，中田明子，吉田　稔】

7．再構成ヌクレオソームを用いたヒストンメチル化活性測定【浦　聖惠】

8．ヒストン脱メチル化活性測定法 FDH-coupled assay【合田　哲】

9．ヒストンのリン酸化・ユビキチン化活性測定法【島田　緑，中西　真】

Ⅳ 非コードRNA解析

A 長分子RNAの解析

1．既知タンパク質に結合するRNAの網羅的解析手法 FAST-iCLIP【石津大嗣】

2．lncRNAが結合するタンパク質・RNA・DNAの網羅的解析 ChIRP（chromatin isolation by RNA purification）【小野口真広】

3．lncRNA複合体の細胞内局在と構造解析【中川真一】

4．lncRNAの遺伝学的解析【中島達郎，酒田祐佳，佐渡　敬】

B 小分子RNAの解析

5．内在性小分子RNAの網羅的解析手法【岩崎由香】

Ⅴ．核内高次構造解析

1．ヌクレオソーム解析（FAIRE-Seq）【脇　裕典，堤　修一】

2．3C・4C法によるクロマチン高次構造解析【石原　宏，中尾光善】

Ⅵ その他の新技術

1．エピゲノム編集【佐久間哲史，中出翔太，山本　卓】

2．シングルセル解析【鹿島幸恵，鈴木絢子，関　真秀，鈴木　穣】

3．クロマチンに結合するタンパク質の網羅的解析 ラベルフリー定量法を用いたChEPなど【足立　淳】

4．特定のクロマチン領域に結合するタンパク質の網羅的解析 PICh法など【井手　聖】

5．メチル化酵素の新規標的分子の網羅的解析【島津忠広，五月女宜裕，袖岡幹子，眞貝洋一】