RNA-Seqデータ解析　WETラボのための鉄板レシピ

序文（本書の編集方針）

Annual UpdateとWeb Supplementについて

Chapter1　まずはこれだけ！解析環境を整える〜Mac＋Biocondaを中心に【安水良明】

Chapter2　データを入手する

（1）RNA-Seqの注意点〜外注時のリード数，小分子・長分子での違いなど【木本舞】

COLUMN　RNA-Seq vs マイクロアレイ【石井善幸】

（2）公共データの利用〜AOEとRefEx，SRAデータ取得，メタ解析【坊農秀雅】

Chapter3　転写産物の発現を定量する

（1）リファレンスゲノムにマッピングする方法①〜HISAT2 + StringTie【安藤美波，粕川雄也】

（2）リファレンスゲノムにマッピングする方法②〜STAR + RSEM【上樂明也】

COLUMN　Strand NGS〜RNA-SeqデータをGUIで解析する【田中英夫】

（3）リファレンスゲノムにマッピングしない方法〜salmon，kallisto，tximport & RNA-Seq定量にまつわるFAQ【露﨑弘毅】

（4）転写開始点を解析する方法〜CAGE【森岡勝樹】

COLUMN　各種ツールの実行時間比較【丹下正一朗】

Chapter4　リファレンスゲノムのない生物でde novo解析を行う【横井翔】

Chapter5　発現変動遺伝子群を検出する【門田幸二】

Chapter6　サンプル間の発現変動した遺伝子群の機能を推定する〜エンリッチメント解析【仲里猛留】

COLUMN　Ingenuity Pathway Analysis〜発現プロファイルの生物学的意義をGUIで解析する【執筆／Stuart Tugendreich，Jean-Noel Billaud，訳／國田竜太】

COLUMN　アノテーション情報とID変換〜Gene Ontology，BioMart，Spotfire【坊農秀雅】

Chapter7　多数のサンプル間の類似度を比較する〜1細胞RNA-Seqの場合

（1）次元削減と可視化【佐藤建太，二階堂愛】

（2）類似度の計算とクラスタリング【佐藤建太，二階堂愛】

COLUMN　1細胞RNA-Seq解析の動向【佐藤建太，二階堂愛】

Chapter8　リードカウント以降の統合解析をウェブブラウザで行う〜iDEP【上坂一馬】

Chapter9　論文投稿に必須！データを登録・公開する〜DRA，GEA【児玉悠一】

COLUMN　解析結果を論文発表する際にはここに気をつけよう【坊農秀雅】

索引