実験デザインからわかる　シングルセル研究実践テキスト

序

執筆者一覧

本書の使い方

第1章　シングルセル解析をはじめる前に考えること【大倉永也】

第2章　シングルセル解析実施前の予備検討：バルクRNA-Seq【関　真秀，鈴木　穣】

第3章　公共データベースを用いた検討【森本玲生，安水良明，大倉永也】

第4章　シングルセル実験デザイン

1．多種多様な細胞群を対象とした実験デザイン【金井昭教，鈴木　穣】

2．シングルセル解析における実験デザイン【安水良明，大倉永也】

第5章　サンプル調製

1．サンプル調製で求められること【小熊　陽，堀尾侑加，渡辺　亮】

2．組織からのサンプル調製の実例【冨樫庸介，山下和男】

3．臨床検体からのscRNA-Seqサンプル調製の実例【赤嶺綸子，森田　元，村上晃規，吉富啓之，上野英樹】

第6章　実験の基本フロー

1．シングルセルプラットフォーム選択の指標【大倉永也】

2．10x Chromiumによるシングルセル解析【内藤陽子，元岡大祐】

3．nanowell方式のscRNA-Seq解析プラットフォーム【七野成之】

4．プレート型scRNA-Seqの特徴と実践【林 哲太郎，二階堂 愛】

5．1細胞核内情報解析のコツsnRNA-SeqとsnATAC-Seq【渡辺　亮，寺中　香】

第7章　データ解析の基本フロー

1．Seuratによるシングルセル解析【水野裕介，関　真秀，鈴木　穣】

2．Scanpyを用いたシングルセル解析のはじめ方と実践【萩原　柾，大倉永也】

3．Cell Ranger解析ソフトウェア【元岡大祐，田中健太郎】

4．SeqGeqを用いたシングルセルRNA-Seq解析【塩出悠登，小玉尚宏】

第8章　シングルセル転写開始点・エンハンサー解析【関戸　翔，小口綾貴子，孫　楽，村川泰裕】

第9章　複数のシングルセルデータの統合【芳賀泰彦，鈴木絢子，鈴木　穣】

第10章　二次解析，グラフィカルな表現法，共有

1．RNA velocityによる遺伝子発現ダイナミクスの解析【小嶋泰弘，島村徹平】

2．自動細胞型アノテーションと細胞間相互作用解析【早川慶紀，尾崎　遼】

3．シングルセルレパトア解析の現状【七野成之，上羽悟史】

4．CellOracleによる細胞のゆらぎの表現【神元健児】

第11章　CELLxGENEによるインタラクティブなデータ共有【安水良明，大倉永也】

第12章　解析結果の検証，解釈

1．マルチオミクスを用いたヒト心臓の細胞微小環境の解析【金丸和正】

2．三次元オルガノイドモデルアクシオロイドの特性評価【辻村太郎，山本拓也】

3．公開データからの乳腺上皮細胞アトラス構築【佐伯亘平，河本樹希，吉竹涼平】

4．循環器疾患におけるシングルセル解析研究の実際【野村征太郎】

第13章　受託解析を利用したシングルセル解析のすすめ【中村やまみ，大倉永也】

第14章　データ共有，代表的なポータルの紹介【鹿島幸恵，鈴木　穣】

座談会　エキスパートが語るシングルセル研究のリアル

索引