クローズアップ実験法

2022年5月号 Vol.40 No.8 詳細ページ
TogoID：生命科学系データベースのさまざまなIDを探索的に変換できるウェブアプリケーション
池田秀也，小野浩雅
346 TogoID:生命科学系データベースの さまざまなIDを探索的に変換できる ウェブアプリケーション 池田秀也,小野浩雅 何ができるようになった? TogoID は,直感的なインターフェースにより生命科学系データベース(DB)間のつながりを探 索的に確認しながら ID 変換を行うことができるウェブアプリケーションである .同一の実体を指す ID 間の変換だけでなく,関連する別のカテゴリーの ID への変換も可能であることが特徴である.ま た,直接リンクされていない DB の ID 間でも,他の DB を経由した変換を探索することができる. 必要な機器・試薬・テクニックは? ウェブブラウザからアクセスすることで誰でも自由に無償で利用できる.多様なカテゴリー(遺伝 子,タンパク質,立体構造,相互作用,化合物,糖鎖,疾患,バリアントなど)の DB の ID が対象に なっているが,それらの対応関係の生物学的な意味付けを参照しながら ID 変換ができる. はじめに るが,オリジナルの D B の更新に追従していない,対 バイオインフォマティクスツールでは,例えば遺伝 応している DB のカバレッジが限られている,ユーザー 子の ID など,DB で割り当てている ID を入力として受 が必要とする新規の I D 変換を提案できない,I D 変換 け付けるものも多いが,複数存在する DB 間で ID は異 による対応の意味付けが必ずしも明確ではない,API なっており,ツールが受け入れ可能な ID の種類は限ら (外部のプログラムからよび出して機能拡張しやすくす れている.そのため,ユーザーがもっている ID がツー るしくみ)を提供していない ,などの課題があった . ルに対応していない場合は ID 変換を行う必要がある. われわれは,こうした課題を解決する ID 変換ツールと また,DB には「遺伝子に関連する疾患」といった,カ して TogoID(https://togoid.dbcls.jp/)を開発した. テゴリーの異なる DB へのリンクの情報も収載されて 直感的な操作で簡単に ID 変換を行えるウェブインター いることが多い .生物学的な機能解析を行うために , フェースと,プログラムからよび出して利用する API と 大量の遺伝子 ID のリストから各遺伝子に関連する疾患 を兼ね備え,ID 間の対応関係を容易に追加できるしく の ID を取得したい,などのケースもしばしばある. みにより幅広い生命科学系 DB をカバーしている.また, これまでにさまざまな ID 変換ツールが開発されてい TogoID では,例えば NCBI Gene ID と Ensembl Gene TogoID:A web application for exploratory conversion of various IDs in life science databases Shuya Ikeda/Hiromasa Ono:Database Center for Life Science, Joint Support-Center for Data Science Research, Research Organization of Information and Systems(DBCLS) (情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサ イエンス統合データベースセンター) 1310 実験医学 Vol. 40 No. 8(5 月号)2022
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