クローズアップ実験法

2023年1月号 Vol.41 No.1 詳細ページ
任意のヒト遺伝子に関わる生命科学実験の検索・提案ウェブツール「LEXAS」
伊藤　慶，鶴岡慶雅，北川大樹
354 任意のヒト遺伝子に関わる 生命科学実験の検索・提案 ウェブツール「LEXAS」 伊藤 慶,鶴岡慶雅,北川大樹 何ができるようになった? 大量の論文やデータベースに機械学習を組合わせて開発したウェブツール LEXAS(Life science EXperiment seArch and Suggestion)では,ヒトの任意の遺伝子に関する生命科学実験を高速検 索し,また次に実験すべき関連遺伝子の提案を得ることができる. 必要な機器・試薬・テクニックは? インターネットに接続したコンピュータやスマートフォンなどから,非営利の目的で自由に利用で きる.遺伝子名の入力と手法の選択のみの簡単な操作を実現している. はじめに 表 示 する . 既 存 の関 連 遺 伝 子 の予 測 ツー ルである 生命科学の研究者は日々の実験計画の中で論文や STRING 3)や FunCoup 4)よりも高性能である.LEXAS データベースを確認するが,膨大な情報のすべてを把 の検索・提案という 2 つのシステムを用いることで,埋 握することは難しい.そこでわれわれは,こうした大 もれていたかもしれない重要な情報を最大限活用する 量の情報を有効に活用するツールとして,生命科学実 ことができる. 験の検索・提案システム LEXAS を開発した 1)2) .検索 システムでは,興味のあるヒトの遺伝子名と用いられ た実験手法を入力すると,公開された論文に記載され た約 2,500 万件の実験の中から,条件に合致するものが 原理 生命科学分野の研究では,機能が関連する(複数の) 即座に一覧表示される.所要時間は平均 0.2 秒であり, 遺伝子に着目して実験を行い,特定の生命現象を解き 論文を 1 報読むのに最低 10 分はかかることを考えれば, 明かす戦略をとることが多い.実験で解析する遺伝子 圧倒的な速さであるといえる .また提案システムは , を決定するために,研究者は大量の論文やデータベー 論文中の実験の前後関係と,遺伝子の既知の機能や組 スを考慮して関連遺伝子を推定する.これまでに,論 織ごとの発現量,転写産物の相互作用などの情報をも 文からの情報を効率的に把握するための複数のツール とに,次の実験で検討するべき関連遺伝子を予測して が開発されている.例えば,FACTA+ 5)はある遺伝子 LEXAS, a web tool for searching and proposing life science experiments on genes Kei K Ito 1)/Yoshimasa Tsuruoka 2)/Daiju Kitagawa 1):Graduate School of Pharmaceutical Sciences, The University of (東京大学大学院薬学系研究 Tokyo 1)/Graduate School of Information Science and Technology, The University of Tokyo 2) 科 1)/ 東京大学大学院情報理工学系研究科 2)) 102 実験医学 Vol. 41 No. 1(1 月号)2023
羊土社会員の方はこちら
会員でない方はこちら

羊土社会員についてはこちらをご確認ください．