シングルセル解析プロトコール

レビュー編　シングルセル解析の重要性

1 シングルセル解析とは何か？ なぜ今なのか？【菅野純夫】

2 がん研究とシングルセル解析【油谷浩幸】

3 免疫研究とシングルセル解析 1細胞粒度の細胞社会学【小原　收】

4 幹細胞・発生研究とシングルセル解析【渡辺　亮】

5 シングルセル解析による神経科学の新展開【Adrian W. Moore，谷口浩章，上口裕之】

6 環境微生物研究に革命をもたらしたシングルセル解析【本郷裕一】

プロトコール編　シングルセル解析の実際

オーバービュー

1 シングルセル解析のための一細胞調製法【伊藤隆司】

2 シングルセル解析における前処理の意義【永澤　慧，鹿島幸恵，関　真秀，鈴木　穣】

3 1細胞RNA-Seqデータ解析【露﨑弘毅，二階堂 愛】

4 ゆらぎ・ばらつきの諸問題（生物／測定由来）【大野雅恵，谷口雄一】

1細胞分取の実際

5 血球系細胞シングルセル解析のための細胞分取【黒滝大翼，田村智彦】

6 オルガノイドからの1細胞分取

ヒトiPS細胞を用いた肺の分化研究への応用【山本佑樹，後藤慎平】

7 組織からの1細胞分取【橋本真一，上羽悟史】

ゲノム解析

8 シングルセルゲノム解析に向けた全ゲノム増幅法【根岸　諒，吉野知子】

9 C1システムを用いたシングルセル全エキソームシークエンス【関　真秀，Sarun Sereewattanawoot，鈴木　穣】

RNA（トランスクリプトーム）解析

10 C1システムを用いたシングルセルRNA-Seq【関　真秀，鈴木　穣】

11 Chromiumシステムv2によるシングルセルRNA-seq【鹿島幸恵，関　真秀，鈴木　穣】

12 Nx1-seq

マイクロウェルプレートを用いた1細胞遺伝子発現解析【橋本真一】

13 C1 CAGE法一細胞が有するRNAの5′末端を捉える【河野　掌，加藤紗智，Jay W. Shin，Piero Carninci】

14 ICELL8によるシングルセルRNA-Seq【日下智聖，瀬尾淳哉，松崎耕二，北川正成】

エピゲノム解析

15 シングルセルメチローム解析（PBAT法）【三浦史仁，伊藤隆司】

16 シングルセルオープンクロマチン解析【鈴木絢子，鹿島幸恵，関　真秀，鈴木　穣】

17 シングルセルHi-C法によるクロマチン高次構造解析【永野　隆】

18 シングルセルクロマチン免疫沈降法（scChIP-seq）【藤木克則，白髭克彦】

その他のシングルセル解析

19 微生物のシングルセルゲノム解析【細川正人，丸山　徹，西川洋平，竹山春子】

20 シングルセルTCRレパトア解析【松谷隆治，鈴木隆二】

21 マスサイトメトリーによるシングルセル解析の実際と可能性【竹内美子，西川博嘉】

22 組織透明化と三次元イメージングによるセルオミクスの実践【洲﨑悦生】

発展編　高度なシングルセル解析・データ解析

1 多階層シングルセルオミクス解析【吉田大和，谷口雄一】

2 シングルセルにおけるncRNA解析【Chung-Chau Hon，伊藤恵美，吉原正仁，Piero Carninci】

3 細胞の分化系譜：CellTree【津田宏治，David A. duVerle】

4 Hi-Cという染色体の立体パズルを解く【小田有沙，平田祥人，太田邦史，合原一幸】

5 分化過程の再構築と擬時間に基づく発現変動解析【松本拡高，木立尚孝，二階堂 愛】

6 シングルセルシークエンスデータを読み解くための情報解析【岩本一成，岡田眞里子】

7 シングルセルからの核・細胞質の取得【池内真志，谷内江 望，関　元昭】