空間オミクス解析スタートアップ実践ガイド

序―配列からバイオロジーへ【鈴木　穣】

空間オミクス解析への期待【神原秀記】

“使う”時代がやってきた【菅野純夫】

概論　空間オミクス解析の技術レビューと機器・データ解析ツール選択ガイド【鹿島幸恵，鈴木　穣】

◆ 実践編

第1章　技術とプロトコール

1　空間トランスクリプトーム　Visiumによる新鮮凍結／FFPE組織検体の解析【森　裕太郎，山本雄介，吉田康将，岡本康司】

2　空間トランスクリプトーム　Visium のデータ解析ツール【永澤　慧，金井昭教，鈴木　穣】

3　空間トランスクリプトーム　ロングリードシークエンスを用いたscRNA-seqおよびVisiumの全⻑cDNA解析【藤井元人，鈴木絢子，水野裕介，関 真秀，鈴木　穣】

4　空間トランスクリプトーム　深層学習を活用したVisium測定結果の超解像度化【門城　拓，小井土 大，鎌谷洋一郎】

5　空間トランスクリプトーム　Xenium In Situ【大西雅也，鈴木　穣】

6　空間トランスクリプトーム　HybISS（Hybridization-based in situ sequencing）【砂留一範，山本拓也】

7　空間トランスクリプトーム　Stereo-Seq（STOmics）【金井昭教，鈴木　穣】

column　ROI組織パンチングによる空間的遺伝子発現解析【松永浩子，細川正人，竹山春子】

column　セミバルクRNA-seq【関　真秀，永澤　慧，鈴木絢子，鈴木　穣】

8　空間プロテオーム　Hyperion Imaging Systemを用いた多重イメージングマスサイトメトリー【小亀敏明，平田勝啓，南　風花，椛島健治】

9　空間プロテオーム　PhenoCyclerを用いた多重蛍光免疫染色【善光純子，永澤　慧，鈴木絢子，鈴木　穣】

10　空間プロテオーム（空間トランスクリプトームも可能）　GeoMxを用いたがん組織のマルチタンパク質発現解析【谷口智憲】

11　空間メタボローム　メタボロームと時空間オミクスの融合とイメージングマス【加藤美樹，菅谷麻希，大澤　毅】

第2章　データベース

12　バイオイメージングデータベースの現状と展望【京田耕司，大浪修一】

13　遺伝子発現データベースを活用した空間・発生解析【森　智弥，藤渕　航】

◆ 応用研究編

第1章　発展的空間オミクス解析

1　空間オミクス解析を補う1細胞トランスクリプトーム技術の最前線【二階堂　愛】

2　空間トランスクリプトームと1細胞トランスクリプトームの統合解析【飯田渓太，岡田眞里子】

3　空間トランスクリプトームに基づく細胞間相互作用ネットワークの解析技術【小嶋泰弘，島村徹平】

4　セルオミクスによる臓器・全身の空間コンテキスト解析【洲﨑悦生】

5　イメージングによるオミクス状態の推定【岡田康志】

第2章　活用例と展望

6　免疫研究と空間オミクス解析【鹿島幸恵，鈴木　穣】

7　空間トランスクリプトームを用いた感染症研究の芽生え【猪原史成，山本雅裕】

8　心臓血管疾患と空間オミクス解析【野村征太郎】

9　がん免疫研究におけるシングル細胞解析と空間解析への展開【鈴木利宙，中面哲也，関　真秀，鈴木　穣】

10　精神医学研究におけるゲノム解析と空間トランスクリプトームの現状【森　大輔，有岡祐子，久島　周，奥村啓樹，尾崎紀夫】

索引