クロモドメインは,クロマチンの構造変換にかかわる因子に見出される,進化的によく保存されたドメインである(約40~50アミノ酸).例えばヘテロクロマチンタンパク質HP1は,そのクロモドメインを介して9番目のリジンがメチル化されたヒストンH3を認識して結合し,クロマチンの構造変換をもたらして転写抑制に関与することが明らかになっている.