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すべての真核生物を読み尽くすEarth BioGenome Project

島根大学農生命科学系　吉田真明

実験医学2022年5月号

Earth BioGenome Project（EBP）が，2018年の開始から2020年までの進捗と今後の展望について，このほどPNAS誌に特集号を出版した（Lewin HA, et al：Proc Natl Acad Sci U S A, 119：e2115635118, 2022）．EBPとは，すべての真核生物のゲノムを統一フォーマットで解読しきることを目的とする国際プロジェクトであり，筆者もゲノム生物学に携わる者として注視していた．EBPは，少なくとも11のaffiliated projectからなっており，複数の参画機関と財源に跨って進んでいる．そのなかでもVertebrate Genome Project（VGP）は先行しており，ハチドリゲノムをNature誌に発表している（Rhie A, et al：Nature, 592：737-746, 2021）．VGPは6.C.Q40（すなわち，1 Mb以上のcontig NG50^※と，染色体スケールのscaffold NG50，塩基エラー率1/10,000未満）を最低規格として提案しており，リファレンス（参照）ゲノムとして求められるデータクオリティを明快に示した点で影響が大きい．この規格は，現行のヒトとマウスのリファレンス〔それぞれGRCh37（hg19），GRCm38（mm10）〕のクオリティに匹敵し，ロングリードシークエンス技術で充分クリアできる水準であるとされている．

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DOI：10.18958/7013-00004-0000133-00