実験医学増刊：使えるデータベース・ウェブツール〜日本発のデータベース戦略から，ゲノム・疾患情報の有効活用まで
実験医学増刊 Vol.29 No.15

使えるデータベース・ウェブツール

日本発のデータベース戦略から，ゲノム・疾患情報の有効活用まで

  • 有田正規／編
  • 2011年09月05日発行
  • B5判
  • 244ページ
  • ISBN 978-4-7581-0317-6
  • 5,940円（本体5,400円＋税）
  • 在庫：なし
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ゲノム，メタボローム，疾患情報など生物医学の解明に欠かせないデータベースについて，気鋭の若手研究者が解説．ユーザー視点に立った丁寧な説明と，特徴が一目で見渡せる一覧表付きで，すぐに活用できる一冊です．

目次

第1章　データベースはどのように変化していくのか─データベースの最前線

概論　新たな段階に突入したわが国のデータベース─バイオサイエンスデータベースセンターの設立とこれからの課題【高木利久】

  • これまでの取り組み
  • 新たな段階へ
  • これからの課題と展望

1.KEGGデータベースとゲノムネット【五斗　進】

  • 知識集約型データベース
  • 新しい技術によるデータへの応用
  • 医療への応用

2.DDBJの現在：継承と変革【中村保一／小笠原理／神沼英里／菅原秀明／高木利久／大久保公策】

  • DDBJの積み上げてきたもの
  • DDBJの新たな展開

3.仮想ラボセンターSciNetSの活用と未来：創資源と知識薬の開発に向けて【蒔田由布子／豊田哲郎】

  • セマンティック・ウェブに準拠した統合データベースの構築
  • SciNetSを支える推論検索エンジン，GRASE
  • SciNetSへのプログラミング言語からのアクセスを可能にする“セマンティックJSON”
  • SciNetSからの創資源への応用をめざすウェブアプリケーション“GenoCODE”の開発

4.NBRPデータベースの現状と将来展望【山崎由紀子】

  • NBRPの現状紹介
  • データベースの変化
  • リソースDBの将来像
  • 危機管理体制

5.欧米におけるバイオデータベースの整備・利活用の動向【福士珠美／川口　哲／山本雄士】

  • 米国におけるバイオインフォマティクスの現状と，医学，医療分野への展開戦略
  • 欧州分子生物学研究所（EMBL）におけるインフォマティクスデータの管理と共有事例
  • 欧州におけるバイオインフォマティクスの将来戦略

6.MEDALS：経済産業省ライフサイエンスデータベース・解析ツールのポータルサイト【村上勝彦／今西　規】

  • MEDALSコンテンツ
  • データベース・ツール便覧
  • プロジェクト便覧
  • MEDALS横断検索
  • ダウンロードページ
  • MEDALSツール

第2章　生物医学研究に役立つデータベースとリソース

概論　 次世代シークエンスデータの解析の実際─エキソーム，ChIP-Seq，RNA-Seqを中心にして【鈴木　穣】

  • 全ゲノムリシークエンスとエキソンリシークエンス（エキソーム解析）
  • ChIP-Seq解析およびクロマチン構造解析
  • RNA-Seqおよびトランスクリプトーム解析
  • 次世代シークエンスデータの複合的解析

1.次世代シークエンサー時代のゲノムブラウザとSRAs【神田将和】

  • ゲノムブラウザの種類
  • UCSCとEnsembl Genome Browserの差異
  • 論文化されたデータがすべてゲノムブラウザで閲覧可能なわけではない
  • SRA（NCBI）/DRA（DDBJ）/ENA（EBI）：3つのNGSデータレポジトリ

2.転写制御解析のために有用な公共データベースとツールの紹介【田中義章／山下理宇】

  • 転写制御解析に有用な生配列データの利用（SRA，ENA，DRA）
  • 転写因子結合・ヒストン修飾サイトの探索（hmChIP）
  • 既知転写因子結合配列の探索（TRANSFAC, JASPAR）
  • 新規のモチーフ検索（MelinaⅡ）
  • 転写開始点との比較（DBTSS）
  • プロモーター領域データベース（MPromDb）

3.タンパク質の構造・機能ドメイン，相互作用データベース【崎山則征／富井健太郎／ポールホートン】

  • 構造・機能ドメイン
  • タンパク質間相互作用
  • 膜タンパク質の構造とトポロジー

4.遺伝子発現データベースの利用と応用の最前線【大林　武】

  • GEO，ArrayExpressのコンテンツ
  • アノテーションの整備されたデータを利用する
  • GEO，ArrayExpress：大量にダウンロードをして利用する
  • GEOとArrayExpressの比較のまとめ
  • 遺伝子共発現データベース

5.タンパク質の立体構造データベース【金城　玲】

  • worldwide Protein Data Bank（wwPDB）
  • PDBjを使ったデータの取得と解析
  • PDBj Mineを利用した高度な検索
  • タンパク質の類似性検索と解析サービス
  • PDBjの二次データベースとブラウザ
  • RCSB PDBとPDBeのサービス

6.パスウェイデータベースの選び方と使い方【小寺正明】

  • パスウェイDBの引用数ランキング
  • パスウェイDBの共通点と相違点
  • より自由度の高いDB利用法

7.学術文献データベース活用術【山本泰智】

  • 文献データベース類型
  • 実際のデータベース

8.糖鎖科学データベースの現状【鹿内俊秀／成松　久】

  • 糖鎖科学実験プロトコル集
  • 糖鎖構造データベース
  • 糖タンパク質データベース
  • 糖鎖標準品の合成支援ツール
  • 感染症と糖鎖に関連したデータベース
  • 実験研究ツールとしてのデータベース

9.メタボロームデータベース：多様な研究への対応とデータの共有化【金谷重彦／平井　晶／旭　弘子／高橋弘喜／中村建介／Md. Altaf-Ul-Amin／二瓶義人／池田　奨／尾嶌雄也／西岡孝明】

  • KNApSAcK 生物種-代謝物関係データベース（KNApSAcK Core）
  • KNApSAcKを引用した研究事例
  • 代謝物データベース：情報の共有に向けて

第3章　疾患・臨床情報リソース

概論　全ゲノム多様性とゲノムワイド関連解析の歴史，現在，未来【角田達彦】

  • SNPデータベースとGWAS
  • GWASを支える疾患情報の整理
  • 次世代のGWAS

1.疾患症状データベース【大坪正史／清水信義／蓑島伸生】

  • OMIM
  • KEGG DISEASE
  • UR-DBMS/Syndrome Finder
  • POSSUM web
  • SYMPHONIEとMutationView
  • SYMPHONIE
  • 疾患遺伝子変異データベースMutationView

2.疾患メカニズムに挑むゲノムデータベース【平川美夏】

  • ヒト遺伝子と疾患データベース
  • 病原体データベースを集約するポータルサイト
  • 宿主─病原体相互作用データベース

3.ゲノムワイド関連解析データベースとデータ共有【小池麻子／徳永勝士】

  • 海外のGWAS DB
  • 統合データベースプロジェクトでのGWAS DB
  • データ公開のポリシー
  • データのレポジトリー
  • Human Genome variation DBへの拡張にむけて

4.医療情報の統合に向けた臨床情報データベースの構築【山本景一／松田文彦】

  • 医療機関の臨床情報データベースの現状
  • 臨床情報に関する公共データベースの現状
  • 臨床情報データベースの地域ベースのコホート研究への適用可能性と問題点
  • 今後の展望

第4章　最新解析手法とウェブツール・ソフトウェア

概論　バイオインフォマティクスのソフトウェアとサービスにおける標準化【片山俊明】

  • オープンバイオ
  • ウェブサービス
  • 統合データベース

1.解析プラットフォーム紹介【中尾光輝／藤澤貴智】

  • Galaxyはゲノム配列データ解析ウェブアプリケーション
  • Cytoscapeはネットワーク解析ソフトウェア
  • BioMartはデータベースから必要な部分（データセット）を抽出するためのウェブアプリケーション

2.第二世代アセンブラの選び方と使い方【中村昇太】

  • 第二世代用アセンブラ
  • 次世代シークエンサーを用いたゲノム解析の実際

3.ゲノムマッピングとビューワ─研究目的に応じたマッピングツールの選択と評価【八谷剛史】

  • マッピングツールのアプローチと性能特性
  • 目的特化型のマッピングツール群
  • マッピング・ビューワ

4.DDBJの塩基配列解析ツールと登録システム【長崎英樹／神沼英里】

  • DDBJの検索/解析ツール
  • DDBJのクラウド型解析ツール：DDBJパイプライン
  • DDBJの塩基配列登録ツール

5.最尤法による分子系統解析の実際【田村浩一郎】

  • 系統樹推定法の概要
  • 最尤系統樹推定のためのソフトウェア
  • 最尤系統解析の実際

6.創薬標的タンパク質解析と医薬品探索【広川貴次】

  • 創薬標的タンパク質同定
  • 特定の創薬標的タンパク質データベース
  • タンパク質立体構造に基づく化合物探索

7.文献管理・文献推薦【岩崎　渉／山本泰智／高木利久】

  • 文献管理のポイント
  • 文献推薦のポイント
  • 代表的な文献管理・文献推薦ツール

8.二次構造に基づくRNA配列解析ソフトウェアの進展【加藤有己】

  • RNA二次構造予測
  • RNAシュードノット構造予測
  • RNA間相互作用予測

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  • 【本書名】実験医学増刊：使えるデータベース・ウェブツール〜日本発のデータベース戦略から，ゲノム・疾患情報の有効活用まで
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1.KEGGデータベースとゲノムネット【五斗　進】

2.DDBJの現在：継承と変革【中村保一／小笠原理／神沼英里／菅原秀明／高木利久／大久保公策】

3.仮想ラボセンターSciNetSの活用と未来：創資源と知識薬の開発に向けて【蒔田由布子／豊田哲郎】

4.NBRPデータベースの現状と将来展望【山崎由紀子】

5.欧米におけるバイオデータベースの整備・利活用の動向【福士珠美／川口　哲／山本雄士】

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第2章　生物医学研究に役立つデータベースとリソース

概論　次世代シークエンスデータの解析の実際─エキソーム，ChIP-Seq，RNA-Seqを中心にして【鈴木　穣】

1.次世代シークエンサー時代のゲノムブラウザとSRAs【神田将和】

2.転写制御解析のために有用な公共データベースとツールの紹介【田中義章／山下理宇】

3.タンパク質の構造・機能ドメイン，相互作用データベース【崎山則征／富井健太郎／ポールホートン】

4.遺伝子発現データベースの利用と応用の最前線【大林　武】

5.タンパク質の立体構造データベース【金城　玲】

6.パスウェイデータベースの選び方と使い方【小寺正明】

7.学術文献データベース活用術【山本泰智】

8.糖鎖科学データベースの現状【鹿内俊秀／成松　久】

9.メタボロームデータベース：多様な研究への対応とデータの共有化【金谷重彦／平井　晶／旭　弘子／高橋弘喜／中村建介／Md.Altaf-Ul-Amin, 二瓶義人／池田　奨／尾嶌雄也／西岡孝明】

第3章　疾患・臨床情報リソース

概論　全ゲノム多様性とゲノムワイド関連解析の歴史，現在，未来【角田達彦】

1.疾患症状データベース【大坪正史／清水信義／蓑島伸生】

2.疾患メカニズムに挑むゲノムデータベース【平川美夏】

3.ゲノムワイド関連解析データベースとデータ共有【小池麻子／徳永勝士】

4.医療情報の統合に向けた臨床情報データベースの構築【山本景一／松田文彦】

第４章　最新解析手法とウェブツール・ソフトウェア

概論　バイオインフォマティクスのソフトウェアとサービスにおける標準化【片山俊明】

1.解析プラットフォーム紹介【中尾光輝／藤澤貴智】

2.第二世代アセンブラの選び方と使い方【中村昇太】

3.ゲノムマッピングとビューワ─研究目的に応じたマッピングツールの選択と評価【八谷剛史】

4.DDBJの塩基配列解析ツールと登録システム【長崎英樹／神沼英里】

5.最尤法による分子系統解析の実際【田村浩一郎】

6.創薬標的タンパク質解析と医薬品探索【広川貴次】

7.文献管理・文献推薦【岩崎　渉／山本泰智／高木利久】

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