改訂版RNA-Seqデータ解析　WETラボのための超鉄板レシピ

改訂の序（本書の改訂方針）

序（本書の編集方針）

著者一覧

Annual UpdateとWeb Supplementについて

Chapter1　まずはこれだけ！　解析環境を整える【坊農秀雅】

Chapter2　データを入手する

（1）RNA-Seqの注意点 〜外注時のリード数，小分子・長分子での違いなど【木本　舞，岡田　宰】

［COLUMN］RNA-Seq vs マイクロアレイ【石井善幸】

（2）公共データの利用 〜SRA からのデータ取得【坊農秀雅】

Chapter3　転写産物の発現を定量する

（1）リファレンスゲノムにマッピングする方法① 〜HISAT2 + StringTie【飯田渓太，粕川雄也】

（2）リファレンスゲノムにマッピングする方法② 〜STAR + RSEM【上樂明也】

（3）リファレンスゲノムにマッピングしない方法 〜salmon，kallisto，tximport【露﨑弘毅】

［COLUMN］RNA-Seq 定量にまつわるFAQ【露﨑弘毅】

（4）転写開始点を解析する方法 〜CAGE【森岡勝樹】

［COLUMN］各種ツールの実行時間比較【丹下正一朗】

Chapter4　リファレンスゲノムのない生物でde novo解析を行う 〜アセンブリからアノテーションまで【横井　翔】

［COLUMN］非モデル生物における機能アノテーション【野津　了，坊農秀雅】

Chapter5　発現変動遺伝子群を検出する【門田幸二】

Chapter6　サンプル間で発現変動した遺伝子群の機能を推定する 〜エンリッチメント解析【田村啓太】

［COLUMN］シングルセルクラスターの生物学的意義をGUI で解釈する 〜QIAGEN Ingenuity Pathways Analysis【執筆／Stuart Tugendreich，Jean-Noel Billaud，訳／國田竜太】

［COLUMN］アノテーション情報とID変換 〜Gene Ontology，BioMart，Spotfire【坊農秀雅】

Chapter7　サンプル間の類似度を比較する

（1）階層クラスタリング【横井　翔，坊農秀雅】

（2）主成分分析（PCA）【和泉隆誠，横井　翔】

［COLUMN］バルク解析とシングルセル解析【中山　淳，山本雄介】

Chapter8　公共データから興味あるデータを抽出，発現変動遺伝子群を検出する（メタ解析）

（1）ikra を使ったヒトやマウスのRNA-Seq データメタ解析【鈴木貴之，坊農秀雅】

（2）非モデル生物の生物種間比較によるトランスクリプトームのメタ解析【栂　浩平】

［COLUMN］ビブリオームを活用したマルチオミックス解析【小野擁子】

Chapter9　リードカウント以降の統合解析をウェブブラウザで行う 〜iDEP − ノーコードでRNA-Seq下流解析【安水良明】

［COLUMN］RNA-Seq でのリード数はどれぐらい？【坊農秀雅】

Chapter10　論文投稿に必須！ データを登録・公開する 〜DRA，DDBJ，GEA【児玉悠一】

［COLUMN］解析結果を論文発表する際にはここに気をつけよう【坊農秀雅】

索引