実験医学別冊：メタゲノムデータ解析　16Sも!　ショットガンも!　ロングリードも!　菌叢解析が得意になる凄技レシピ
実験医学別冊

メタゲノムデータ解析　16Sも!　ショットガンも!　ロングリードも!　菌叢解析が得意になる凄技レシピ

  • 坊農秀雅／編
  • 2021年11月30日発行
  • AB判
  • 237ページ
  • 付録：Annual Updateサービスの登録コード
  • ISBN 978-4-7581-2255-9
  • 6,930円（本体6,300円＋税）
  • 在庫：あり

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医学・生物学の研究や創薬などの産業応用に役立つメタゲノムデータの解析法を，料理のレシピ本のようにわかりやすく解説．共生菌も環境微生物も，菌叢の組成も機能も，PCひとつでbon appetit！

目次

序文

著者一覧

Annual Updateについて

Chapter1　メタゲノムデータ解析に必要なコンピュータリテラシー

（1）Anaconda仮想環境とDocker【坊農秀雅】

（2）データ解析インフラ【久保竜一】

Chapter2　細菌叢の組成を調べる ─16Sアンプリコン解析

（1）Short read

① QIIME 2【志波 優】
② VITCOMIC2，LEA【森 宙史】

（2）Long read

① GenomeSync + GSTK法【KRYUKOV, Kirill，中川 草，松尾禎之，廣田喜一，今西 規】
② NanoGalaxy【大石直哉】

［COLUMN］DIYメタゲノム解析【大石直哉】

Chapter3　細菌叢の機能にまでふみこむ ─ショットガン解析

（1）メタゲノムアセンブリと系統解析 PhyloPhlAn3 + GraPhlAn【上坂一馬】

（2）アノテーション DFAST【谷澤靖洋】

［COLUMN］マイクロバイオームヘルスケア，はじめないか【坪井千明】

Chapter4　解析したデータを共有・利用する

（1）国際塩基配列データベースへの登録 メタゲノムアセンブリ，DRA，DDBJ【大城戸利久，福田亜沙美】

（2）figshare，生命科学系データベースアーカイブを使ったデータ共有【横井 翔】

（3）横断的に検索できる微生物統合データベース MicrobeDB.jp【伊藤光平】

索引

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  • 【本書名】実験医学別冊：メタゲノムデータ解析　16Sも!　ショットガンも!　ロングリードも!　菌叢解析が得意になる凄技レシピ
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