バイオデータベースとソフトウェア最前線

−概論− 観測技術の進歩からバイオインフォマティクスの潮流を読む【森下真一】

第1章 DNA

1.ゲノムブラウザー【 バドルル アーサン，山田智之，森下真一】

2.国際HapMapプロジェクト【角田達彦，田中敏博，中村祐輔】

3.メタゲノムデータベース【黒川　顕，服部正平】

4.ゲノム進化のデータベース【中谷 洋一郎】

5.QTL解析とデータベース【中谷明弘】

6.ゲノムアセンブラと新型シークエンサーを使用したゲノムシークエンシングの未来【笠原雅弘】

7.超高速シークエンサーの原理と情報処理【曲　薇，バドルル アーサン，森下真一】

8.ゲノム配列のマルチプルアラインメント【後藤　修，市瀬夏洋】

9.遺伝子発見【矢田哲士】

第2章 RNA

1.完全長cDNAデータベース【武田淳一，今西　規，五條堀 孝，鈴木　穣，菅野純夫】

2.革命的超高速シークエンサーによるSAGE法の進展【橋本真一，松島綱治】

3.RNA干渉実験のためのウェブツール【内藤雄樹，程 久美子】

4.機能性RNAデータベース【金　大真，浅井　潔】

5.二次構造に基づく機能性RNAの配列解析【佐藤健吾，榊原康文】

第3章 タンパク質

1.タンパク質の機能部位の予測【木下賢吾】

2.タンパク質とDNAの結合予測【 皿井明倫，河野秀俊】

3.アミノ酸配列に基づくタンパク質の細胞内局在予測【中井謙太，ポール ホートン】

第4章 エピジェネティクス

1.DNAメチル化の網羅的解析技術【三浦史仁，伊藤隆司】

2.DNAメチル化を中心とした網羅的なエピゲノム解析【佐藤晋也，八木 慎太郎，塩田邦郎】

3.クロマチン修飾の網羅的解析技術【油谷浩幸】

第5章 システム生物学

1.パスウェイのモデル化とシミュレーションツール【長崎正朗，斉藤あゆむ，宮野　悟】

2.KEGG：生命システム情報統合データベース【橋本浩介，五斗　進，金久　實】

3.Wikiによるフラボノイドのデータベース【有田正規，諏訪和大】

4.メタボローム解析のための質量分析スペクトル・データベース：MassBank【蓬尚幸，西岡孝明】

第6章 文献検索とゲノム言語

1.医学生物学分野におけるシソーラスとテキストマイニング技術の開発【小池麻子，高木利久】

2.PURE：PubMed文献検索支援システム【馬見塚 拓，米屋　隆】

3.ゲノムと言語の学際的研究

Ⅰ 転移因子によるゲノム言語の構築と進化【二橋 美瑞子，藤原晴彦】

Ⅱ 進化計算と遺伝子ネットワーク推定【伊庭斉志】

Ⅲ タンパク質糖鎖修飾の新たな意義─細胞内糖タンパク質品質管理機構【山本一夫】

Ⅳ 近縁複数全ゲノム配列比較によるゲノム進化ダイナミクスの解明【小林一三】

Ⅴ 下水処理プロセスの微生物群集─ゲノム解析で見えるもの見えないもの【佐藤弘泰，味埜　俊】