AlphaFold時代の構造バイオインフォマティクス実践ガイド

◆ 序【富井健太郎】

第1章　概論と基礎知識

1　構造バイオインフォマティクスへの招待【富井健太郎】

2　AlphaFold2の衝撃【大上雅史】

3　AlphaFoldの予測構造を読み解くための基礎知識【西　羽美】

第2章　立体構造データの入手と可視化・簡易計測

1　立体構造データの可視化と解析のためのツール【山守　優】

2　各種立体構造データベースの種類と使い方【于　健，栗栖源嗣】

3　タンパク質の立体構造予測　〜ColabFoldとAlphaFold2〜【森脇由隆】

第3章　立体構造によるタンパク質の機能推定

1　タンパク質–タンパク質の相互作用予測　〜AlphaFold-MultimerとAlphaFold3〜【森脇由隆】

2　分子ドッキング法　〜タンパク質–化合物複合体の構造予測〜【石谷隆一郎，力丸健太郎】

3　MDシミュレーション　〜予測構造モデルの安定性や結合の強さを検証する〜【寺田　透】

4　構造比較　〜立体構造を検索して比較する〜【木原大亮】

第4章　応用・発展的研究

1　タンパク質の構造変化予測　〜AlphaFoldと分子動力学の統合〜【岡崎圭一，大貫　隼】

2　タンパク質デザインAIの動向と利用のコツ【小林直也】

3　AlphaMissenseによる変異導入効果予測　〜タンパク質言語モデルと立体構造予測の融合【山口秀輝，齋藤　裕】

◆ 索引